Michaelのソリューションはすでに機能している可能性がありますが、これはtkrplotフレーム内のプロットを示すものです。tkrplotパッケージ(CRAN上)はRのtcltk拡張機能を使用しており、どこでも利用できます。
# From http://stackoverflow.com/questions/3063165/
# r-building-a-simple-command-line-plotting-tool-
# capturing-window-close-events
require(tcltk)
library(tkrplot)
## function to display plot, called by tkrplot and embedded in a window
plotIt <- function(){ plot(x=1:10, y=1:10) }
tt <- tktoplevel() ## create top level window event handler
done <- tclVar(0) ## variable to wait on
## bind to the window destroy event, set done variable when destroyed
tkbind(tt,"<Destroy>",function() tclvalue(done) <- 1)
## Have tkrplot embed the plot window, then realize it with tkgrid
tkgrid(tkrplot(tt,plotIt))
tkwait.variable(done) ## wait until done is true
## script continues, or exits, ... once plot is closed
Rのtcltkドキュメントを見ると、閉じるための「OK」ボタンなどを備えた他の例が見つかります。