私はPaulIrishのHTML5ボイラープレートを使用しています。
ホームページは、Chrome、Firefox、およびIE8で正常にレンダリングされます（影/丸みを帯びた角は別として-現時点では問題ありません）
マージン、navリストはIE8でめちゃくちゃです。headerの要素のスタイルは同じファイルからのものであるため、CSSに正しくリンクされていますが、配置とnavリストはそれらのスタイルを取得していませんか？
CSSに問題があった場合、ルートディレクトリでも正しくレンダリングされないので、これは奇妙です。
Modernizrのscript読み込みに使用しているタグは相対URLを使用しているため、ドメインのルートでのみ機能します。
<script src="js/libs/modernizr-1.7.min.js"></script>
ルート相対URLに置き換えると、これが修正されるはずです。
<script src="/js/libs/modernizr-1.7.min.js"></script>
別のタグにも同じ問題がありますが、コメントアウトされているため、レンダリングの問題の原因ではありません。
<!-- Uncomment if you are specifically targeting less enabled mobile browsersdo w
<link rel="stylesheet" media="handheld" href="css/handheld.css?v=2"> -->