最小化するとシステムトレイに存在するプログラムを作成する必要があります。そのためには、Java6のSystemTrayAPIを使用します。
ユーザーがホットキーを押したときに、そのアプリケーションを前面に表示するにはどうすればよいですか？
たとえば、アプリは実行されていますが、最小化されています。ユーザーがCTRL-SHIFT-Yなどを押して（または、Googleデスクトップの検索のように、CTRLを2回押して）、アプリケーションが最大化されたとき。
編集： Javaウィンドウを前面に表示する方法を知っています。実行中のJavaアプリにホットキーをリッスンさせる方法について具体的に質問しています。