r - RleView をマトリックスに変換する

Question

RleViews オブジェクト (同じ長さの要素を含む) をマトリックス オブジェクトに変換するより高速な方法はありますか?

私は通常使用します

viewApply(x, as.vector)

Tnx！

Answer 1

再現可能な例について

library(IRanges)  ## Bioconductor
rle = Rle(sample(2, 100000, TRUE))
v = successiveViews(rle, rep(5, 1000), gap=10)

そして多分

r = seqselect(rle, start(v), end(v))
matrix(as.integer(r), nrow=5)

独自の例とタイミングを提供すると、これが改善されているかどうかを尋ねることができます。

2016 年 7 月 29 日更新

マトリックスへの強制はunlist()、ビューを ing し、マトリックスを呼び出すことによって達成できます。

matrix(unlist(v), nrow=5)

これmatrix()は、最初の引数をベクトルに強制するため、部分的に機能します。