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私は、私の研究の分析で使用する次の cython コードを作成しました。

def jumprate(np.ndarray[FTYPE_t, ndim=1] X ,np.ndarray[LTYPE_t, ndim=1] V):

cdef np.ndarray J = np.zeros([X.shape[0]], dtype=LTYPE)
cdef np.ndarray O = np.zeros([X.shape[0]], dtype=LTYPE)
cdef np.ndarray Vel = np.zeros([X.shape[0]], dtype=FTYPE)    
cdef  long  j=0 # index of J
cdef  long  o=0# index of O
cdef  long  k = 0 # index of X
cdef  long l = 0 # counts length of sequence of same velocity sign
cdef  long  L = V.shape[0]/3
cdef  int jumpstart = 1
cdef  int jumpend = 1    
cdef  long S0 = 0    

while k <  L:  # run over position array
    if V[k]==V[k-1]: # might be a start of jump
        jumpstart = k  # Also where last oscilation ended    
        S0 = V[k]
        while V[k]==S0: # As long as velocity sign doesn't change we might be in a jump
            l += 1 # Count sequences length
            k += 1 # Update position in array
    if int(X[jumpstart]) != int(X[k]): # If start end ending point of sequence are 
                                     # in different grid squares, it's a jump
        J[j] = l # Append jump length to list 
        j += 1
        Vel[j] = (jumpstart-jumpend)/100
        O[o] = abs((jumpend-jumpstart))  # Append oscilation length to list 
        o += 1
        l = 0 
        jumpend = k # mark where last jump ended (also where new oscilation starts)
    k+=1    
return J,O,Vel

9 行目の L の定義で 3 による除算に注意してください。実行時に次のエラーを受け取った後に挿入しました。

while V[k]==S0: # ...
IndexError: Out of bounds on buffer access (axis 0)

どのような問題を解決しましたか。ただし、関数に渡される配列の X,V には 99990 個の要素が含まれており、この解決策は最初の 33330 個のみが使用されることを意味します。最初は、タイプを int から long に変更するだけでよいのですが、役に立ちませんでした。

誰でも問題の解決策を提案できますか?

コードの目的に興味がある人は、原子 (配列 X) の軌跡をたどることを意図しています。これは、ポテンシャル井戸で振動することもあれば、ある井戸から別の井戸にジャンプすることもあります。関数 "jumprate" は、ジャンプと振動の交互動作シーケンスの長さ (時間単位) を保持する 2 つの配列を返します。

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kで初期化されており、でnumpy配列に0アクセスしようとしていますV[k -1]

while k <  L:  # run over position array
    if V[k]==V[k-1]: # might be a start of jump
于 2011-12-06T16:45:41.600 に答える