Reporting Services で直接作成されたデータ ソースではなく、Visual Studio のレポート サーバー プロジェクトの共有データ ソースについて話していると思います。後者の場合、データはすべて、SSRS のセットアップ時に指定された ReportServer データベースに格納されます。
ここで、Visual Studio で使用される .rds ファイルについては、ファイルをテキスト エディターで開くと、ユーザー名とパスワードがファイルに保存されていないことに注意してください。実際には .rptproj.user ファイルに保存されます。したがって、誰かがソース管理から .user ファイルを削除していないことを確認してください (.user ファイルはソース管理にあるべきではありませんが、あなたの場合は...)。
このシナリオは、資格情報を入力し、すべてのファイルを保存して、Visual Studio を終了することでテストできます。.rptproj.user ファイルを見つけて削除し、Report Server プロジェクトを再度開いて、資格情報がなくなっていることを確認してください。
回避策は、接続文字列の一部として「User ID=user;Password=pass」を追加することです。.rds を開くと、接続文字列にこの部分は表示されませんが、[資格情報] タブには正しい値が表示されます。