スタイリッシュは、iframe 内にあるかどうかに関係なく、ページを同じように扱います。したがって、解決策は、iFramed ビットを個別にスタイルすることです。
たとえば、ページjsbin.com/osajuz/editがあり、この iFrame が含まれているとします。
<iframe src="http://www.drudgereport.com/"></iframe>
次に、次のようなスタイリッシュなスタイルを作成できます。
@namespace url(http://www.w3.org/1999/xhtml);
@-moz-document url("http://jsbin.com/osajuz") {
body {
background-color: pink;
}
}
@-moz-document url("http://www.drudgereport.com/") {
body {
background-color: lime !important;
}
}
動作します。
スタイルを作成してjsbin.com/osajuzにアクセスすると、次のように表示されます。

同様に、フレームに URL がない場合は、フレームを含むページと同じドメインおよび URL からのページとして扱われます。スタイリッシュなルールは引き続き適用されます。
たとえば、このスタイリッシュなスタイルを作成する場合:
@namespace url(http://www.w3.org/1999/xhtml);
@-moz-document domain("jsbin.com") {
body {
color: orange;
}
}
@-moz-document url-prefix("http://jsbin.com/abazay/3/edit") {
body {
background: lime;
}
}
jsbin.com/abazay/3/edit#previewにアクセスすると、両方の「内部」iFrame に両方のスタイルが適用されていることがわかります。
ただし、注意しないと、iFrame を操作している JS が何であれ、CSS スタイルを上書きする可能性があることに注意してください。!important
したがって、この問題に対処するためにフラグを自由に使用してください。