r - PCoA の散布図を色分けする方法

Question

だから私はこれが初めてです。次のデータ マトリックスで PCoA を実行する必要があります。ADE4、labdsv、Ginko、Aabel ソフトウェアを使用して解析を実行できます。気になるのは、散布図でラベルを色分けする方法です。私のマトリックスは、次の順序で存在/不在マトリックスです。

SpecieName Value1 Value2
A1         0      1
A2         1      1
A3         1      1
B1         0      0
B2         0      1
E1         1      0
E2         0      0

私が望むのはA1、 、A2、およびA3を赤でB1、B2青で、すべてのEものを黒で表すことです。どんな助けでも大歓迎です。

Answer 1

これらのグループを示す係数をプロット コマンドに渡すだけです。

data = read.table('data.txt', header=T)

data.pca = prcomp(data[,-1])

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName))

plot(data.pca$x, col=groups)

また、特定の色を設定したい場合は、いつでも同じ方法でカスタム リストにインデックスを付けることができます。

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups]
plot(data.pca$x, col=cols)