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R パッケージxlsxを使用して、次の URL で入手可能なファイルをロードしようとしています: http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019

library(xlsx)
filename="/home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx"

system(paste("ls -l",filename))
-rw-rw-r-- 1 avilella avilella 2372143 2011-12-11 16:36 /home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx

ダウンロードしたら、read.xlsxorを使用して R にロードしようとしread.xlsx2ます。

file <- system.file("mobile.element.insertions.1000g", filename, package = "xlsx")
res <- read.xlsx2(file, 1)  # read first sheet

しかし、私はエラーが発生します:

エラー.jnew("java/io/FileInputStream", file): java.io.FileNotFoundException: (そのようなファイルまたはディレクトリはありません)

何か案は？

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1) xlsx パッケージ。 ファイルにインタラクティブに移動できるようにするため、 which を使用してみてくださいfile.choose。これにより、ファイルを誤認する可能性がなくなります。

fn <- file.choose()
DF <- read.xls(fn, 1)

2) gdata パッケージ。 上記の方法でもうまくいかない場合はread.xls、gdata で試してみてください。Java ではなく、Perl プログラムを使用します。xlsファイルとファイルの両方を読み取ることができxlsx、ネットからすぐにデータを読み取ることができます (一時ファイルにダウンロードし、ユーザーに透過的な方法でそこから読み取る)。

library(gdata)
URL <- "http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019"
DF <- read.xls(URL)

?read.xlsgdata には詳細情報があります。

于 2011-12-11T17:10:38.730 に答える