宣言された選択がある場合
<select id="sel1" dojoType="dijit.form.Select" >...
そして、ノックアウトデータバインディングを追加します
<select id="sel1" dojoType="dijit.form.Select" data-bind=".....">...
ノックアウト配列/バインドがdojo.readyの前に初期化されている場合、選択ボックスには正しい値が入力されますが、dojoがテンプレートを再書き込みするため、オブザーバブルが失われます。
dojo observablesに移行したくないのですが、この場合は移行する必要があるようです。
私は調査を続けていますが、この動きをする必要があるようです。
編集：これは出発点ですが、答えではありません。
ノックアウト道場コネクタがあるようです。
https://github.com/imankulov/knockout-dojo-connector/blob/master/sample.html
ただし、observablearraysとselectとのバインディングのサンプルはありません。
私はknockout-dojo-connectorによるアプローチの大ファンではありません。よりクリーンなアプローチは、KOバインディングをマークアップに保持し、dojoタイプにattrバインディングを適用することだと思います。このようなものが機能するはずです：
<select id="sel1" data-bind="attr: {'dojoType': dojoTypeInViewModel}">...