Rails3.1.3をRake0.9.2を使用してマシンにインストールしています。実行するgem listと、両方が正しいバージョンでインストールされているのがわかりますが、実行するrake db:migrateと、次のようなエラーが表示されます。
Rails3.1.3の宝石がありません。インストールしたRailsバージョンのconfig/environment.rbのRAILS_GEM_VERSION
gem install -v=3.1.3 rails設定を更新するか、インストールされている最新バージョンを使用するようにRAILS_GEM_VERSIONをコメントアウトしてください。