r - 半透明のベン図比例およびカラーシェーディング

Question

以下の種類の計数データが​​あります。

A   450
B   1800
A and B both    230

次のベン図のようなカラフルな（おそらく交差点で半透明）を開発したいと思います。

注：この図は、PowerPointで手描きされた例であり、縮尺どおりではありません。

Answer 1

これは、クラスターと同時発生要因のリストからベン図について説明する投稿です。

簡単な解決策として、パッケージvenneulerを使用してください。

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

より高度でカスタマイズされたソリューションについては、パッケージVennDiagramを確認してください。

library(VennDiagram) 
venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020), fill = c("lightblue", "green"), 
             alpha = c(0.5, 0.5), lwd =0, "venn_diagram.tiff")

Answer 2

私は最近、あなたが望むことをする新しいRパッケージeulerrを公開しました。それはvenneulerに非常に似ていますが、矛盾はありません。

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

または、 eulerr.coで同じrパッケージの光沢のあるアプリケーションを試すことができます

Answer 3

Geek On Acidによる2番目の回答に基づいて（もう一度感謝します）、回線の問題も解決できます。これが他のグーグルに関連しているなら、私は投稿しています！

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

Answer 4

これはあなたの質問に完全には答えませんが。これは、ベン図をプロットしようとしている他の人にも役立つと思いました。gplotsパッケージのvenn（）関数を使用できます：http： //www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modified slightly from the example given in the documentation
## Example using a list of item names belonging to the
## specified group.
##
require(gplots) 
## construct some fake gene names..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

その後、イラストレーターを使って色と透明度を追加します。

Answer 5

ダウンロードして実行できる直感的で柔軟な比例プロッタがあります。http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.phpで見つけてください

と

jvenn：インタラクティブなベン図ビューア-GenoToul Bioinfo：http: //bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Answer 6

OPがRのソリューションについて質問していることは知っていますが、BioVennと呼ばれるWebベースのソリューションを指摘したいと思います。最大3つの要素のリストを取り、各サーフェスが要素の数に比例するようにベン図を描画します-次のようになります。

この図では、BioVennが選択した場所が気に入らなかったため、番号の配置を手動で（PhotoShopを介して）変更しました。ただし、数字を使用しないことを選択できます。

理論的には、BioVennで使用されるリストは遺伝子IDで構成されますが、実際には問題ではありません。リストには文字列が含まれている必要があります。

Answer 7

FWIW：同じことをするPython用のこのパッケージを見つけました。