.NET 3.5を対象とするVS2008プロジェクトをVS2010にアップグレードすると、.NEt 3.5がインストールされていないというエラーメッセージが表示されるというエラーが発生しましたか?
以下のエラーメッセージから抜粋
「このマシンにインストールされていない「.NETFramework、Version = v3.5、Profile=Full」を対象としています。」
複数の未リリースの製品を一緒に実行すると、失敗に対する変更が増えることは知っていますが、それでも試してみたいと思います。