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解決できないエラーが発生しました。

データベース (file -> cucumber.fasta としても指定) でシーケンス (「pytanie.fasta」ファイルとして指定されたシーケンス) を探して、tBLASTn アルゴリズムを実行する最も簡単な一連のコマンドを実行しようとしています。結果は「wynik.txt」ファイルに保存されます。

コードは次のようになります。

from Bio.Blast. Applications import NcbitblastnCommandline
database = r"\Biopython\cucumber.fasta"
qr = r"\Biopython\pytanie.fasta"
output = r"\Biopython\wynik.txt"
e = raw_input("Enter e-value: ")
tblastn_cline = NcbitblastnCommandline(cmd='blastn', db=database, query=qr, out=output, evalue=e, outfmt=7)

print tblastn_cline

stdout, stderr = tblastn_cline()

そして、私が得るエラー:

 File "C:\Users\IBM_ADMIN\Desktop\PYTHON\Workspace\Biopython\blast.py", line 20, in <module>
stdout, stderr = tblastn_cline()
File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 435, in __call__
shell=(sys.platform!="win32"))
File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
errread, errwrite)
File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 893, in _execute_child
startupinfo)
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

私は使っている：

  • Eclipse SDK バージョン: 3.7.1
  • Python バージョン 2.7
  • OS: 64 ビット Windows 7

32 ビット Windows XP でもこれを試しましたが、同じエラーが発生します。Biopython パッケージは、biopython Web サイトによって提案されたテストを通過したため、正常に動作するはずです。ファイルが配置されているパスの他の形式も試しましたが、うまくいきませんでした。私の友人は Ubuntu で同じコードを使用しており、正常に動作します。

このエラーを修正する方法を知っている人はいますか?

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ファイルのパスは何ですか?

たとえば、 pathr"\Biopython\cucumber.fasta"は現在のドライブの絶対パスです (バックスラッシュで始まり、ドライブ文字がないため) r"C:\Biopython\cucumber.fasta"。あれは正しいですか？

于 2012-01-19T17:57:02.857 に答える