Chosen プラグインを使用して、選択で現在選択されているオプションを変更しようとしています。
ドキュメントでは、リストの更新と、オプションが選択されたときにイベントをトリガーすることについて説明していますが、現在選択されている値を外部から変更することについては (私が見ることができる) 何もありません。
コードと選択を変更する方法を示すために、jsFiddle を作成しました。
$('button').click(function() {
$('select').val(2);
$('select').chosen().val(2);
$('select').chosen().select(2);
});