剰余の 3 つの二面角をすべて計算したいと思います。
calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4)of Biopython は、引数として 4 つの原子のベクトル座標を必要とし、単一の値の出力を返します。出力が 3 つの角度のどれを表しているかわかりません。
残基内のどの原子がどの角度を計算するのに必要で、どの順序で原子座標が引数として関数に与えられるべきかを提案してください。
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二面角は、4 つの原子 1、2、3、および 4 の鎖の原子 2 と 3 の結合に沿って「ねじれ」ています。
ラマチャンドラン プロットでは 2 つの二面角 psi と phi が使用され、Biopython ではこれらを簡単に取得できます。http: //www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/ を参照してください。
どの3 つの角度をお探しですか?
于 2012-02-12T12:53:29.240 に答える
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バックボーン アトムは N、CA、C のみが必要です。したがって、タンパク質鎖については、N、CA、C、N、CA、C、N、CA、C、N、CA、C を取得します。
2 つの平面 (平面 1: C、N、CA)(平面 2: N、CA、C) が必要な角度を見つけるために、それらを平面で定義する必要があります。最初の残基の N,CA は無視します。太字の原子のみを考慮してください。太字の原子 (1 つの残基の 3 つの原子と 2 番目の残基の 4 番目の原子) を送信します。オメガについては知りません。
于 2012-06-06T05:25:19.887 に答える