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私は Python の初心者で、genbank および fasta 形式のファイルをインポートしようとしました。彼らのドキュメントでは、データセットを Python にインポートする方法を示す例を提供しています。具体的には、Biopython チュートリアルとクックブックの 16 ページで次の例を提供しています。

from  Bio  import  SeqIO

for  seq_record  in  SeqIO.parse("ls_orchid.gbk",  "genbank"):
    print  seq_record.id
    print  repr(seq_record.seq)
    print  len(seq_record)

現在、彼らは 14 ページで、Biopython のソース コードにこのファイルが含まれていると述べていますが、これは事実です。しかし、Python は Bio import SeqIO を介して、ファイルが正確にどこにあるかをどのように知るのでしょうか? biopython とそのコンポーネントをインストールした後に上記のコードを試してみましたが、うまくいきませんでしたか?

また、genbank ファイルのパスを指定して、何とか開くことはできますか?

ありがとうございました

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http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc10によると

ファイルをローカルディレクトリにコピーする必要があります

このチュートリアルが最初に作成されたとき、この検索で​​は94ヒットしか得られず、FASTA形式のテキストファイルおよびGenBank形式のテキストファイル（ファイルls_orchid.fastaおよびls_orchid.gbk、ドキュメントのBiopythonソースコードにも含まれています）として保存しました。 / tutorial / examples /）。

今日検索を実行すると、何百もの結果が得られます！チュートリアルに従うときに、同じ遺伝子リストを表示したい場合は、上記の2つのファイルをダウンロードするか、Biopythonソースコードのdocs /examples/からコピーしてください。セクション2.5では、Python内からこのような検索を行う方法を見ていきます。

于 2012-02-12T19:07:42.747 に答える
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ls_orchid.gbk ファイルを Python スクリプトと同じディレクトリに保存する必要があるようです。そうしないと、ファイルへのフル パスを指定する必要があります。また、NCBI から genbank ファイルをダウンロードしてディレクトリに追加するか、その場所を指定することもできます。

for seq_record in SeqIO.parse("~/File Location/File Name", "genbank")

于 2013-04-07T00:18:34.747 に答える
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Genbank と FASTA を C:\Python27 に配置しました。Newick、PhyloXML など、他のあらゆる種類のファイル形式を解析できました。詳細については、開発者に問い合わせてください。

于 2012-04-15T21:32:43.590 に答える