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ggplot2 でモデルをプロットしたいと思います。信頼区間を推定するときに使用したい堅牢な分散共分散行列を推定しました。

ggplot2 に VCOV を使用するように指示することはできますか? あるいは、predict.lm に VCOV マトリックスを使用するように強制することはできますか? ダミーの例:

source("http://people.su.se/~ma/clmclx.R")
df <- data.frame(x1 = rnorm(100), x2 = rnorm(100), y = rnorm(100), group = as.factor(sample(1:10, 100, replace=T))) 
lm1 <- lm(y ~ x1 + x2, data = df)
coeftest(lm1)
## outputs coef.test, but can be modified to output VCOV
clx(lm1, 1, df$group)

拡張された VCOV マトリックスを使用して「正しい」予測を取得できれば、ggplot に追加するのは比較的簡単です。

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予測ではなく、標準誤差のみを変更する必要があります。

getvcov <- function(fm,dfcw,cluster) {
  library(sandwich);library(lmtest)
  M <- length(unique(cluster))   
  N <- length(cluster)           
  K <- fm$rank                        
  dfc <- (M/(M-1))*((N-1)/(N-K))  
  uj  <- apply(estfun(fm),2, function(x) tapply(x, cluster, sum));
  dfc*sandwich(fm, meat=crossprod(uj)/N)*dfcw
}

V <- getvcov(lm1,1,df$group)
X <- as.matrix(model.frame(lm1))
se <- predict(lm1,se=TRUE)$se.fit
se_robust <- sqrt(diag(X %*% V %*% t(X)))
于 2012-02-13T17:11:29.443 に答える