アプリケーションマシン全体のデータを保存したい場合は、
Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.CommonApplicationData)
そして、ユーザーごとにデータを保存したい場合は、
Environment.GetFolderPath(Environment.SpecialFolder.LocalApplicationData)
しかし、アプリケーションインスタンスごとにデータを保存したい場合はどうなりますか?アプリケーションが保存されているフォルダを使用することはできますが、正しく理解していれば、このタイプのデータストレージ用に「プログラムファイル」フォルダは作成されません...
編集:アプリケーションをdiffernetフォルダーに2回インストールした場合の意味を明確にするために...申し訳ありませんが実行されているインスタンスではありません。