SSRS スタイルシートを少し変更することはできますが、Report Manager のカスタマイズはサポートされていません。SSRS はレポートに関するものです。レポートの高度な制御や UI は、SSRS 製品の範囲を超えています。一方、Report Manager のページ構造に飛び込みたい場合は、この種のページ操作に使用できる洗練された JQuery 手法がいくつかあります。
(スタイルシートは、既定の 2008 R2 インストールでは Program Files\Microsoft SQL Server\MSRS10_50.MSSQLSERVER\Reporting Services\ReportManager\Styles にあります。カスタマイズはサポートされていません。)
Report Manager の使用率 (SSRS ユーザー全体に対する割合) は、この製品について当初想定されていたものをはるかに超えているのではないかと思います。結局、それは Report Managerと呼ばれます。
.NET で Web サービスを使用するか、URL レポート アクセスを使用することは、構築可能な任意のインターフェイスを介してレポートを配信する簡単な方法です。