これをどのように処理するかは、使用している Windows アプリケーションの種類によって異なります。
起動時にプログラムを実行し、シャットダウン時に停止するようにしたい場合は、Windows サービスの記述を追求します。これは実行可能ですが、通常のユーザー モード アプリケーションを記述するほど単純ではありません。サービスのデバッグは、通常のアプリケーションとデバイス ドライバーの中間に位置し、アプリケーションに似ていますが、Microsoft テンプレート フックを使用してデバッグ コントロールを取得する必要があります。
単にサイレント コンソールが必要で、それが Windows アプリケーション (メイン ウィンドウなど) である場合は、最初は表示されないようにウィンドウを作成できます。
コンソール アプリケーションの場合は、コンソールの出力をリダイレクトできるはずです。ウィンドウを閉じるなど、コンソールを操作するための Win32 ライブラリ ルーチンがあるため、アプリケーションは "サイレント モードで" 実行できます。これらの機能へのリンクは次のとおりです。
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms682073%28v=vs.85%29.aspx