0 
import numpy
import rpy2
from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects.numpy2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')
r = robjects.r
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

a = numpy.array( [ [1, 5, numpy.nan, 4, 5], [2, 6, 8, 7, 8] ] )
b = numpy.array( [ [1, 5, 8, 4, 5], [2, 6, 8, 7, 8] ] )

std = r.sd( a[0], **{'na.rm': 'TRUE'} )              # works fine
pca = stats.prcomp( b )                              # works fine
pca = stats.prcomp( a )                              # error
pca = stats.prcomp( a, **{'na.rm': 'TRUE'} )         # error
pca = stats.prcomp( a, **{'na.action': 'na.omit'} )  # error

最後の 3 つの prcomp() 呼び出しで、次のエラーが発生します。

Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'

rpy2 経由で prcomp() の NA 値を処理するために na.action (またはその他の手段) を適切に使用する方法がわかりません。単なる構文の問題であることを願っています。

助けてくれてありがとう。

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「na.action」は、関数名の文字列ではなく、関数でなければなりません。以下はトリックを行うかもしれません：

pca = stats.prcomp( a, **{'na.action': stats.na_omit} )

NA != NaN であることに注意してください。あなたの例から：

ar = robjects.vectors.Matrix(a)

print(ar)
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    5  NaN    4    5
[2,]    2    6    8    7    8
于 2012-03-07T18:16:08.137 に答える