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roxygen2 を使用して、R パッケージ内のいくつかのデータセットを文書化しようとしています。これらのうちの1つだけを考慮してください：

  • 私は持っているmypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
  • と呼ばれるオブジェクトを含むCpG.human.GRCh37

  • と呼ばれるファイル:mypkg/R/cpg-data.Rには、以下が含まれます。

    #' @name CpG.human.GRCh37
#' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19
#' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands,
#' with coordinates based on the GRCh37 / hg19 genome build.
#' @docType data
#' @usage CpG.human.GRCh37
#' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.
#' @source UCSC Table Browser
#' @author Mark Cowley, 2012-03-05
#' @export
NULL

私がroxygenizeすると、これが作成されmypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd、以下が含まれます：

    \docType{data}
    \name{CpG.human.GRCh37}
    \alias{CpG.human.GRCh37}
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
    \source{
      UCSC Table Browser
    }
    \description{
      This data set list the genomic locations of human CpG
      islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
      genome build.
    }
    \author{
      Mark Cowley, 2012-03-05
    }
    \usage{CpG.human.GRCh37}
    \keyword{datasets}

export(CpG.human.GRCh37)ファイルが追加されますNAMESPACE。

しかし、私R CMD CHECKが得たとき：

...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
  undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...

このデータセットの場所を R に伝えたことはありませmypkg/data/<name>.RDaんが、最初の推測としては適切だと思います。どんなヒントも素晴らしいでしょう。

Hadley が見ていると、\usage セクションが作成されておらず、@usage ディレクティブが無視されていることに気付きます。

R 2.13.1でroxygen-2.2.2を使用しています

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これには 2 つの修正が必要でした。

  1. Write R extensions 1.1.5, Data in packagesで説明されているように、オブジェクト.rdaを.RDa
  2. @exportRoxygenから削除
于 2012-10-18T10:06:55.383 に答える