サーバーに変更をプルすると、変更されたファイルへのグループ書き込みアクセスが自動的に追加されることに気付きました。ただし、500 エラーの原因となる suPHP を使用しているため、Git リポジトリが持つ可能性のあるアクセス許可と所有権を無視し、フォルダー自体が持つ適切なアクセス許可に置き換える必要があります。
編集: suphp は、ユーザーのファイルを変更から保護するために、ファイルに対して 644、ディレクトリに対して 755 の最大権限を必要とします。Suhosin で動作する PHP へのパッチです。
私はローカルホスト環境で作業し、ステージングにプッシュします。ステージングは本番環境のクローンであるため、エラーが発生します。