window オブジェクトと document オブジェクトは Web ブラウザによって提供されるだけであり、Rhino が実装するECMAScript 標準の一部ではありません。これらは、スクリプトが現在のブラウザ ウィンドウと HTML ドキュメントにアクセスできるようにするために存在します。ドキュメント オブジェクトは、実際にはW3C DOMの実装です。
Rhino は ECMAScript/JavaScript 1.7 の純粋な実装であるため、HTML ページ、ウィンドウ、およびブラウザ全般については何も知りません。これは汎用スクリプト言語であり、たまたまほとんどが Web ブラウザに組み込まれているため、通常はブラウザが提供するグローバル オブジェクトを使用できます。
もちろん、何もしないスタブである "window" と "document" という名前のグローバルにアクセス可能なオブジェクトを定義することもできますが、実行したいスクリプトはおそらくいくつかのメソッドやプロパティを使用するため、これはできません。あなたを大いに助けます。ブラウザ環境で実行するために作成されたスクリプトを実行する場合は、完全な「ブラウザ」のような環境を提供する必要があります。
それが可能であり、サーバーのコンテキストで理にかなっている場合は別の問題です...