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次のコード (一部を表示) は、クラス DescCalculator のオブジェクトを作成し、記述子を計算して、それらを文字列配列として返します。分子と Descriptor オブジェクトの ArrayList が渡されます。 

    private void calcDesc()
    {
        try
        {
        StatusPanel.setStatus("Calculating Molecular Descriptors Using CDK...\n");
        File df = new File(Settings.getCurrentDirectory() + sep + "molDesc.csv");
        FileWriter dfw = new FileWriter(df);
        LoadSDF lsdf1 = new LoadSDF(Settings.getCurrentDirectory() + sep + "marvin3D.sdf");
        List<IAtomContainer> mols3D = lsdf1.getCompounds();
        DescriptorEngine engine = new DescriptorEngine(DescriptorEngine.MOLECULAR);
        List<String> classNames = engine.getDescriptorClassNames();
        List<String> removeList = new ArrayList();
        removeList.add("org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular.IPMolecularLearningDescriptor");
        classNames.removeAll(removeList);
        List<IDescriptor> instances = engine.instantiateDescriptors(classNames);
        engine.setDescriptorInstances(instances);

        List<String> headerItems = new ArrayList<String>();
        headerItems.add("CID");
        headerItems.add("MobCSA");
        for (IDescriptor descriptor : instances) {
            String[] names = descriptor.getDescriptorNames();
            headerItems.addAll(Arrays.asList(names));
        }
        ArrayList<IMolecularDescriptor> descriptors = new ArrayList();

        for (Object object : instances)
        {
        IMolecularDescriptor descriptor = (IMolecularDescriptor) object;
        String[] comps = descriptor.getSpecification().getSpecificationReference().split("#");
        descriptors.add(descriptor);
        }
        String headerLine = "";
        for (String header : headerItems) {
            headerLine = headerLine + header + ",";
        }

        dfw.append(headerLine+"\n");
        ExecutorService eservice = Executors.newFixedThreadPool(threads);
        CompletionService <List<String>> cservice = new ExecutorCompletionService <List<String>> (eservice);
        int k=0;
        for (IAtomContainer mol : mols3D)
        {
            DescCalculator dc = new DescCalculator(mol,descriptors);
            cservice.submit(dc);
            k=k+1;

        }
        for (int j=1 ; j<=k; j++)
        {
            StatusPanel.setStatus("Calculating Descriptors for Molecule "+j+"/"+compounds.size()+" Using "+threads+" Processors\n");
            List<String> dataItems = cservice.take().get();
                for (int i = 0; i < dataItems.size(); i++) {
                if (dataItems.get(i).equals("NaN")) {
                    dataItems.set(i, "NA");
                }
            }

            try {
                String dataLine = "";
                for (String data : dataItems) {
                    dataLine = dataLine + data + ",";
                }
                dfw.append(dataLine+"\n");
            } catch (Exception e) {
                System.out.println(e.toString());
            }
        }
 dfw.close();
        }
        catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }
    }

クラス内には、次のように記述子のリストを処理する for ループがあります (一部を表示)。このコードは同時変更例外に遭遇します。同期された{}ブロック内でthreads = 1または記述子の反復を使用すると、コードは正常に実行されますが、必要な並列化が得られません.クラスDesCalculator内のリストを反復するにはどうすればよいですか??

    public class DescCalculator implements Callable<List<String>>{

    private IAtomContainer mol = new Molecule();
    private ArrayList<IMolecularDescriptor> molDesc;

    DescCalculator(IAtomContainer mol_, ArrayList<IMolecularDescriptor> molDesc_)
    {
        this.mol = mol_;
        this.molDesc = molDesc_;
    }

    @Override
    public List<String> call() {
        List<String> dataItems = new ArrayList<String>();
        try
        {
            String title = (String) mol.getProperty("PUBCHEM_COMPOUND_CID");
            dataItems.add(title);
            //String csa = Double.toString(mobcalCSA.get(ind));
            String csa = "NA";
            dataItems.add(csa);
            int ndesc = 0;
            for (IMolecularDescriptor descriptor : molDesc) {
                descriptor.calculate(mol);
                DescriptorValue value = descriptor.calculate(mol);
                if (value.getException() != null) {
                    for (int i = 0; i < value.getNames().length; i++) {
                        dataItems.add("NA");
                    }
                    continue;
                }

                IDescriptorResult result = value.getValue();
                if (result instanceof DoubleResult) {
                    dataItems.add(String.valueOf(((DoubleResult) result).doubleValue()));
                } else if (result instanceof IntegerResult) {
                    dataItems.add(String.valueOf(((IntegerResult) result).intValue()));
                } else if (result instanceof DoubleArrayResult) {
                    for (int i = 0; i < ((DoubleArrayResult) result).length(); i++) {
                        dataItems.add(String.valueOf(((DoubleArrayResult) result).get(i)));
                    }
                } else if (result instanceof IntegerArrayResult) {
                    for (int i = 0; i < ((IntegerArrayResult) result).length(); i++) {
                        dataItems.add(String.valueOf(((IntegerArrayResult) result).get(i)));
                    }
                }

                ndesc++;
            } 

        }
        catch(Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }
        return dataItems;
    }

}

スタック トレースの出力

java.util.ConcurrentModificationException
    at java.util.AbstractList$Itr.checkForComodification(AbstractList.java:372)
    at java.util.AbstractList$Itr.next(AbstractList.java:343)
    at org.openscience.cdk.ChemObject.notifyChanged(ChemObject.java:187)
    at org.openscience.cdk.ChemObject.setFlag(ChemObject.java:375)
    at org.openscience.cdk.graph.PathTools.depthFirstTargetSearch(PathTools.java:168)
    at org.openscience.cdk.graph.PathTools.depthFirstTargetSearch(PathTools.java:177)
    at org.openscience.cdk.graph.PathTools.depthFirstTargetSearch(PathTools.java:177)
    at org.openscience.cdk.graph.SpanningTree.getRing(SpanningTree.java:185)
    at org.openscience.cdk.graph.SpanningTree.getCyclicFragmentsContainer(SpanningTree.java:221)
    at org.openscience.cdk.atomtype.CDKAtomTypeMatcher.getRing(CDKAtomTypeMatcher.java:912)
    at org.openscience.cdk.atomtype.CDKAtomTypeMatcher.perceiveNitrogens(CDKAtomTypeMatcher.java:730)
    at org.openscience.cdk.atomtype.CDKAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType(CDKAtomTypeMatcher.java:117)
    at org.openscience.cdk.tools.manipulator.AtomContainerManipulator.percieveAtomTypesAndConfigureAtoms(AtomContainerManipulator.java:719)
    at org.openscience.cdk.smiles.smarts.SMARTSQueryTool.initializeMolecule(SMARTSQueryTool.java:435)
    at org.openscience.cdk.smiles.smarts.SMARTSQueryTool.matches(SMARTSQueryTool.java:214)
    at org.openscience.cdk.smiles.smarts.SMARTSQueryTool.matches(SMARTSQueryTool.java:189)
    at org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular.AcidicGroupCountDescriptor.calculate(AcidicGroupCountDescriptor.java:135)
    at edu.uconn.pharmacy.molfind.DescCalculator.call(DescCalculator.java:48)
    at edu.uconn.pharmacy.molfind.DescCalculator.call(DescCalculator.java:25)
    at java.util.concurrent.FutureTask$Sync.innerRun(FutureTask.java:303)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:138)
    at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:441)
    at java.util.concurrent.FutureTask$Sync.innerRun(FutureTask.java:303)
    at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:138)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(ThreadPoolExecutor.java:886)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:908)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:680)
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3 に答える 3

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実際に aを横切って歩いているときにaを変更していない限り、例外は発生しません。多くの場合、これは、繰り返し処理しCollectionている a から削除を行うことにより、1 つのスレッドで実行できます。たとえば、a です。Collectionfor

しかし、あなたの場合、あなたmolDescが提供したコードサンプルではそれを見ることができませんが、どこかでリストから削除していると思います。リストからエントリを削除する必要がある場合は、他のメカニズムを使用して削除を行う必要があります。何らかの形でない限り、複数のスレッドで同じコレクションを変更することはできませんsynchronized。

他のアイデアを組み合わせてください：

  • まったく同じリストである必要があるかどうかを確認してください。リストのコピーを使用して各スレッドを動作させることができます。

    DescCalculator dc =
   new DescCalculator(mol, new ArrayList<IMolecularDescriptor>(descriptors));

  • Collections.synchronizedListのコピーを渡すことができますがmolDesc、それがあなたが望むものかどうかはわかりません。

    List<IMolecularDescriptor> syncedList =
    Collections.synchronizedList(descriptors);
...
DescCalculator dc = new DescCalculator(mol, syncedList);

  • 各スレッドは、削除する必要があるアイテムのリストを保持できます。最後Futureに、スレッドがリープされたときにを使用して、削除されたアイテムのリストを取得し、最後にリストからそれらを削除できます。

于 2012-03-20T20:07:02.197 に答える
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問題は、スレッドセーフではない記述子オブジェクトにあることがわかりました。それを指摘してくれたAffeに感謝します！DescCalculatorクラス内でそれらを生成すると、問題が修正されました。皆様のご意見ありがとうございました！

于 2012-03-21T13:25:16.283 に答える
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molDesc フィールドは、call() メソッドにアクセスする 2 つ以上のスレッド間で状態を共有しています。あなたが述べたように、CMEを回避する唯一の方法は、反復をsynchronized（）ブロックでラップするか（これにより並列化が妨げられます）、またはVictorが述べたようにCopyOnWriteArrayListのようなスレッドセーフな構造を使用することです.

于 2012-03-20T20:18:59.987 に答える