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重複の可能性:
OS X への h5py のインストール

OS X Lion 10.7.3 Macbook Pro で h5py を動作させようとしています。以前は機能していましたが、どういうわけかアンインストールされ、再度インストールできません。XCode 4.3のインストールに関係しているようですが、よくわかりません。

h5py をインポートすると、次のエラーが発生します。

>>> import h5py


   Traceback (most recent call last):

  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/__init__.py", line 1, in <module>
    from h5py import _errors
ImportError: dlopen(/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so, 2): Symbol not found: _H5E_ALREADYEXISTS_g
  Referenced from: /Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so
  Expected in: flat namespace
 in /Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so

HDF5ライブラリと関係があると思います。まだインストールされていなかったので、最初に使用してインストールしました

brew install hdf5

これでエラーは発生しませんでした。しかし、最後に次の警告。これは重要だと思います：

ld: warning: ignoring file ../hdf5-1.8.8/hdf5/lib/libhdf5.a, 
file was built for archive which is not the architecture being linked (i386)

これが何を意味するのかは100％わかりませんが、このライブラリはi386アーキテクチャ用にコンパイルされていると思いますが、このディレクトリには文句を言わないファイルが他にもあります:

libhdf5.la
libhdf5.dylib -> libhdf5.7.dylib
libhdf5.7.dylib
libhdf5.settings
libhdf5.a
libhdf5_hl.la
libhdf5_hl.dylib -> libhdf5_hl.7.dylib
libhdf5_hl.a
libhdf5_hl.7.dylib

後で、HDF5 グループ Web サイト ( http://www.hdfgroup.org/HDF5/ )からダウンロードしたソースも自分でコンパイルしました。次の構成行を使用して、追加した共有ライブラリを確実に作成するために --enable-shared を使用し、fortran を無効にします。

./configure --with-zlib=/usr/local --disable-fortran 
--prefix=/usr/local/ --target=x86_64-apple-darwin 
-build=x86_64-apple-darwin --host=x86_64-apple-darwin 
--enable-shared --disable-production

h5py と hdf5 ライブラリの両方を削除し、それらを数回再インストールしました (両方とも pip と easy_install を使用して h5py を自分でコンパイルしました) が、それは役に立たなかったようです。

このコマンドを使用して作成したばかりのビルドを使用して、h5py もインストールしました。

python setup.py build --hdf5=../hdf5-1.8.8/hdf5

また、numpy と scipy のインストールを最新バージョンに更新しました。

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Mac OS X Lion のクリーン インストールから、私がしなければならなかったことは次のとおりです。

  • コマンドライン ツールを使用して Xcode をインストールする
  • 自作をインストールする
  • Homebrew に Xcode の場所を伝える ( xcode-select ...)

次に、次のことができます。

$ brew install hdf5

私のは書き込み可能ではなかったので、正しくリンクしませんでした/usr/local/lib。リンクされていないパッケージがあるかどうかを確認brew doctorします。

$ brew doctor
Warning: You have unlinked kegs in your Cellar
Leaving kegs unlinked can lead to build-trouble and cause brews that depend on
those kegs to fail to run properly once built.

    hdf5
    szip

だから私はディレクトリを書き込み可能にして使用しました

$ brew link hdf5
$ brew link szip

それから私はすることができました

$ sudo pip install h5py

そしてプレスト。

>>> import h5py
>>>
于 2012-03-26T14:25:59.957 に答える