問題タブ [behaviorspace]

私は Mac 10.8.5 (Mountain Lion)、2.6GHz Intel Core i7、8GB RAM、Netlogo 5.0.4、Rserve-Extension 0.1beta、R バージョン 3.0.2 (2013-09-25) -- 「フリスビー セーリング」を持っています。 .

Rserve-Extension を介して変数を R に送信する NetLogo モデルを BehavSpace を使用して実行し、少なくとも 4 つのコアを同時に使用して実行できるようにしたいと考えています。

私の NetLogo モデルは、メイン インターフェイスを介して (BehaviorSpace を使用せずに) 実行すると完全に実行されます。ただし、たとえば 4 つのコアを同時に使用して BehaviorSpace 経由で実行しようとすると、4 つのコアすべてで実行されているように見えますが、1 つのモデル実行からの結果 (R で生成された .csv ファイル) のみが保存されます。また、「エージェントであると予想される入力で、代わりに番号0を取得しました」という初期エラーが発生します-メインインターフェイスを介して実行すると、このエラーは発生しません。

ポートを 1 つだけ定義しました。

私の疑問は、非常に単純だと思います...私はこれについてほとんど経験がありません...

BehaviorSpace を使用して複数のコアで同時に実行できるようにするには、Rserve 拡張機能を持つ NetLogo モデルにどのコードを含める必要がありますか? コアごとに 1 つの接続が必要ですか?

次のコードを試しました：

最初の localhost に接続し、2 行目に到達すると、(最初の) ローカルホストに既に接続されていることを示すエラー メッセージが表示されます。

ありがとうエドゥアルド

私のモデルでは、動作空間を使用して多数の実行を実行しています。変数は実行ごとに変更され、出力は後で分析するために *.csv に保存されます。モデルは最初の数回の反復では正常に実行されますが、データが大きくなるにつれて急速に遅くなります。私の質問は、動作空間で使用するとファイルフラッシュがこれに役立つでしょうか? またはそれを回避する方法はありますか？

乾杯

サイモン

これが明白である場合は申し訳ありません。私は考えられるすべてを検索し、同僚に尋ねましたが、私たちは両方とも立ち往生しています。

私はビヘイビアスペースを実行したいいくつかのコード（以下-オオカミ羊の捕食に少しひねりを加えたもの）を持っています（以下にも入力してください）。ただし、最後まで実行されることはありません。実行のステップ #0 で常にスタックしているように見えます (スタックする実行番号はさまざまです)。それらが分離して実行されている場合、それが固執する実行は正常に機能します（したがって、すべての変数は正常に見えます）。フリーズしているように見えます（エラーメッセージは生成されず、クラッシュもしません）。

何が原因なのですか？

ありがとう、

サイモン

コード：

行動空間入力:

変数:

繰り返し:1

記者:

各ステップでランを測定

設定：setup

行け：go

停止します（これを使用して、または使用せずに試しました）：count wolves = 0 and count sheep = 0 and ((count patches with [pcolor = green]) = (count patches - (count patches with [pcolor = blue])))

制限時間：5000

以前にも投稿したことがありますが、NW 拡張まで追跡したと思っていましたが、最新バージョンでもメモリ リークが発生します。同様の問題について議論しているこのスレッドを見つけましたが、それは行動空間に起因すると考えています。

http://netlogo-users.18673.x6.nabble.com/Behaviorspace-Memory-Leak-td5003468.html

同じ症状を発見しました。私のモデルは約 650 MB から開始しますが、実行のたびにプライベート ワーキング セット メモリが増加し、1024 の制限に達します。これを起こすのに十分な記憶がありますが、実際には発症を遅らせるだけです。以前の議論に基づいて、これは役に立ちますが、増加率が遅くなるだけなので、表の出力を使用しています。ただし、最終的にメモリ使用量は、PC が苦戦し始めるポイントまで上昇します。二日酔いがないように、実行間ですべてのデータをクリアしています。強調表示されたスレッドで、それらがヘッドレスで実行されることに気付きました。これを試してみますが、他の誰かがこの問題に気付いたのでしょうか? もう 1 つのオプションは、BehSpc シミュレーションをいくつかのバッチに分割して、問題が発生しないようにすることです。

BehaviorSpace でブリード固有またはタートル固有の変数を使用するにはどうすればよいですか。試してみると「グローバル変数が存在しません」というエラーが出ました。

これらの変数をグローバル変数として使用することはできません。各品種/カメは、実行ごとに変数の独自の値を持つ必要があるためです。

私は自分のマシンで動物のホームレンジのモデルを実行しています。各ホーム レンジの最小凸多角形を計算するために、R 拡張を NetLogo コードに追加しました。複数のコアの BehaviorSpace でモデルを実行すると、いくつかのステップの後、NetLogo は単純に消えます (実行を停止します)。5.04 と 5.1 で試してみましたが、同じことが起こります。マシンで利用可能な 4 コアではなく 1 コアを選択した場合、モデルは BehaviorSpace で適切に実行されます。R-extension をオフにすると、正常に動作します。私がしなければならないことはありますか？最終的には、複数のコアを持つ仮想マシンで実行したいと考えています。

回答と回答をありがとうございました。私の問題をよりよく理解するのに役立つかもしれないいくつかの重要な詳細を意図せずに省略したことがわかります. シンプルで一般的なものにしようとしましたが、実際には役に立ちませんでした。詳細情報を含む更新版を次に示します。

によって生成されたモデルdata.frameから得られた多くの列を持つ があります。各列は、異なる実験条件下で報告された値を表す時系列であり、繰り返しは実行数と時間ステップ数で表されます。たとえば、（これは長くて申し訳ありませんが、データのフレーバーを提供しようとしています）：NetLogoBehaviorSpace

これにより、以下が df に入れられます。

したがって、私が以前に行ったことは、使用してデータフレームを分割し、byすべてのステップ (時系列) および要因の各組み合わせの平均と標準偏差を取得したかったことです。

あなたのすべての回答を見て、私の問題を再考した後、私がやろうとしていることは、の変換プロセスでより適切に処理されると思いますby。その方法が正確にはわかりません...出力を次のように表示したいのは、次のような要約です。

これは のための仕事aggregateですか? ご理解とご協力をお願いいたします。-- グレン

元の質問:

多くdata.frameの列があり、それぞれが繰り返しのある特定の実験条件を表しています。

各条件と繰り返しの平均と標準偏差を見つけたいです。これまでのところ、最も直接的な方法は次のようです。

しかし、私はたくさんのコラムを持っていて、それらはいたるところにあるので、これは本当に労働集約的で手作業のようです. もう少し良い方法は、次を使用することave()です。

しかし、代わりに sd() を実行したい場合は、不思議なことに NA を取得します。

可能であれば外部パッケージを使用したくないのですが、基本的なものが欠けているようです。この質問は似ていましたが、data.frames ではなく、data.tables に関するものでした。

もう 1つはさらに近いものでしたが、ave() を使用すると、たとえば列 1 ～ 12、15 ～ 17、および 26 をサブジェクト列として指定するのも面倒で、不思議なことに、sd()これらの NA が生成されます。これを行う簡単な方法があるはずです。Excelが欲しくなるくらいです。:-)