問題タブ [cray]

-ss引数を指定するコマンド ライン オプションを備えた MPI アプリケーションがあります。私は何年もの間、ARCHER (www.archer.ac.uk) や XC30 など、さまざまな Cray マシンでこれをうまく実行してきました。OS は最近アップグレードされ、この ALPS の一部としてバージョン 5.1.1-2.0501.8507.1.1 にアップグレードされました。

を使用して計算ノードでプログラムを起動するとaprun、プログラムは としてオプションを受け取ります--ss。

完全なアプリケーションの代わりにシェル スクリプトでチェックする

このオプションが二重破線になっていることを確認しますaprun。

明らかにバグがありますaprun(私は報告済みです) が、パッチが適用されるまで、どうすればこの問題を回避できますか?

Cray Fortran コンパイラで OpenACC Fortan コードをコンパイルしようとしています ...

エラーメッセージで失敗します

どうやら、ターゲット アクセラレータを指定する必要があります。問題は、これを行う方法に関するドキュメントがどこにも見つからないことです。Bing 検索ではなく、特に crayftn のマニュアル ページではありません。誰がどのフラグを使用するか知っていますか?

ところで、nvidia Tesla K40 用にコンパイルしようとしています。そして、私は今のところ Cray コンパイラーに固執しています。現時点で別のコンパイラを使用できたとしても、最終的にはこれを crayftn で解決する必要があります。ありがとう。

エラーメッセージ:

モジュール mMatrices (mod_matrices.f08 内) は、サブモジュール smAllocations (mod_sub_matrices_allocators.f08 内) にある関数allocator_rank_2_subを呼び出します。モジュールをモジュールとサブモジュールに分割する前に、コードは機能mMatricesしました。

モジュール:

サブモジュール:

make によるコンパイル:

「makefile」の最後の部分

マシン：Cray XC30

コンパイラ: Fortran 5.2.82

質問: 何を修正する必要がありますか?

@IanHの修正を組み込んだ修正されたコードフラグメント：

したがって、ファイルに 9 つの変数を書き込むコードのスニペットがあります。

しかし、コードは異なるマシン/コンパイラで異なる結果をもたらします.CrayクラスターでPathScaleコンパイラを使用すると、次のようになります:

(x 列ごとに改行)

しかし、別のクラスターで GNU コンパイラーを使用すると、次のようになります。

(改行なしで、コードは期待どおりに機能します)

両方のコンパイラのメイクファイルは次のようになります。

2 番目のケースと同様に、ファイル書き込みが機能する必要があります。システム管理の制約により、Cray に異なるコンパイラをインストールできません。誰かがこれを以前に見たことがありますか / 問題が何であるかを知っていますか? どんな助けでも大歓迎です！

具体的には、Cray は、バッチ ノードでジョブを実行するためにaprun、リクエスト内に埋め込まれた特別なコマンド( Cray Linux スーパーコンピューターへのリクエストを手動でキー入力する場合、指定された構文は次のとおりです。qsubaprunqsub

ユーザーが (ステートメント -V内のパラメーターの通過を示す) の後、および実行可能ファイル/パラメーター セットの後に「return」を提供する場所。入力を終了し、コマンドを実行します。qsubCtrl-Dqsub/aprun

問題は、 BASH スクリプトでCtrl-D(単に を意味するEOF) を入力するためのさまざまな方法がネット上で説明されていることですが、それらのいずれもqsub-embeddedaprunコマンドのコンテキストでは機能しません。

私がする必要があるqsub/aprunのは、1 つのスクリプトで複数のコマンドに対して同じ構文を実行することです。これを BASH でコーディングするにはどうすればよいですか?

mpi4py python スクリプト: hello.py で 16 個のインスタンスを実行しようとしています。この種の 16 個のコマンドを s.txt に保存しました。

次のように aprun コマンドを使用して Cray クラスターに送信しています。

当時の私の意図は、ノードごとに 8 つの Python ジョブを実行することでした。スクリプトは 3 時間以上実行され、*.out ファイルは作成されませんでした。PBS スケジューラの出力ファイルから、次のようになります。

これを 1 つのノードで実行しており、32 個のコアがあります。GNU 並列コマンドの使い方が間違っていると思います。誰かがこれを手伝ってくれませんか。