問題タブ [devtools]

私は R パッケージを開発していpkます。私はそれを正常にインストールして使用しましたが、今はパッケージrun_examples内の関数の助けを借りて例をクリーンアップしようとしています. devtoolsただし、最初の例でクラッシュします。

既にパッケージを ( を使用して) ロードしたので、 を表示するrequireには、さらに何をする必要がありますか? Rセッションに実際に存在することを確認しました。my_pk_funrun_examplesmy_pk_fun

更新: Dirk のコメントに従って、名前空間ファイルを調べたところ、完全に空であることがわかりました。ドキュメントで提案されているように（推奨されていませんが）、 を挿入exportPattern("^[^\\.]")しました。これは、を含むすべての関数をエクスポートすることになっているようですmy_pk_fun。しかし、上記の実験を繰り返すと、(a) 同じエラーが発生し、(b) 名前空間ファイルの内容が削除されます! run_examplesが名前空間ファイルを空にするのはなぜですか?

を使用して R パッケージのテストを作成しようとしていますtestthat。testthatとの両方devtoolsが を使用してインストールされinstall_github、テスト コードは と にありtests/testthatます。R CMDチェックを使用して取得test-all.Rtests

• テストをチェックしています ... 'test-all.R' を実行しています OK

と

>test()
FASTIN のテスト中
FASTIN IO テストのロード中
: ......

同様に

> test_package('FASTIN')
IO テスト : ......

私の最初のテストの経験に非常に満足しており、今後の開発を「auto_test_package」で自動監視したいと思いましたが、パッケージのルート ディレクトリから 9it を呼び出すと、次の結果が得られます。

>auto_test_package('./')
IO テスト: ......
ダイジェストのエラー (パス、ファイル = TRUE): 指定されたパス名はファイルではありません: /Users/phil/Work/FASTIN-R/FASTIN-R /tests/testthat

これは、テストが実行されることを意味していると思いますが、テストが完了すると何か問題が発生しますか? これを手動で設定しようとするとauto_test、同じエラーが発生します。

>auto_test('./R/', './tests/')
IO テスト: ......
ダイジェストのエラー (パス、ファイル = TRUE): 指定されたパス名はファイルではありません: /Users/phil/仕事/FASTIN-R/FASTIN-R/tests/testthat

auto_test代わりに使用するように設定しようとしましtest/testthatたが、今回はテストは実行されますが、エラーもスローされます...

auto_test('./R/','./tests/testthat/')
IO テスト : 12
1. エラー: SI インポートは正常に動作します -------------------- -------------------------------------------------- --------------------
nchar(SI.predators) > 0 & nchar(SI.preys) > 0 は TRUE ではありません
1: addSI(SI.predators = SI.捕食者、SI.preys = SI.preys、Frac.Coeffs.mean = Frac.Coeffs.mean、Frac.Coeffs.var = Frac.Coeffs.var) test_io.R:10
2: stopifnot(nchar(SI.predators) > 0 & nchar(SI.preys) > 0) at /Users/phil/Work/FASTIN-R/FASTIN-R/R/DataIO.R:56
3: stop(sprintf(ngettext(length(r), "% s is not TRUE", "%s are not all TRUE"), ch), call. = FALSE, domain = NA)

ここで何が間違っていますか？私は少し困惑しており、testthatgithub のコードですぐに答えが見つかりませんでした...

どんな助けでも大歓迎です！乾杯

パッケージが でインストールされていることがわかりますがlibrary()、ライブラリからパッケージをロードすると、関数を呼び出すことができません。

最近、AWS アカウントをセットアップし、必要な R パッケージをアップロードしています。

プロセスは、コマンドを使用して CRAN パッケージでスムーズに実行されます。

CRAN 以外のパッケージについては、このソース https://github.com/hadley/devtools/issues/414から助けを得て、試してみました

圧縮されたパッケージ (および github の他のパッケージ) がダウンロードされますが、エラーが発生します

それはRパッケージが書かれた場所ですが

誰かがこのプロセスを成功裏に達成し、解決策を教えてくれますか Tx

次のようなデータ フレーム df があります。

私はplotrixとdevtoolsパッケージを使用しており、すでに両方をインストールしており、次のbarp2ような機能があります。

barp2私が使用している修正コード ( ) は、こちらから入手できます。

次のように、上記のデータ フレームにデータをプロットしようとしています。

プロットのバーを埋めるために、参照チャートを使用しています。

df の行名を x 軸のラベルにし、df の列名を凡例にしたい。

ただし、次のエラーが発生し続けます。

これはrownames(df)、長さが 10 とcolnames(df)長さが 13 (明らかに等しくない) であるためだと理解していますが、この問題を修正する方法がわからないため、データ フレーム内のデータが棒グラフに表示されます。

または、次のように、を使用して列と行を入れ替えるとt(df):

次のエラーが表示されます。

このエラーが何を意味するのか、なぜエラーが発生するのかわかりません。

申し訳ありませんが、それがどのように見えるべきかのイメージを提供することはできませんが、うまくいけば、それの基本的なアイデアを得ることができます.

どんな助けでも大歓迎です。

inst/extdata にファイル helper.RData ファイルがあります。このファイルには、パッケージ内の関数で使用される変数とデータセットが含まれていますが、ユーザーがアクセスするためのものではありません。

次を使用して、パッケージの最初にロードします。

ファイルが大きいため、これにはかなりの時間がかかり、開発中は特に面倒です (私はパッケージload_all()から関数をかなり略奪します)。devtools

実際に必要なときにのみファイルがロードされるように、遅延ロードすることをお勧めします。

どうやってやるの？

私が構築しているパッケージには、アナリストが使用するグローバル環境に 16 進コードを割り当てる機能があります...

私の単体テストコードは次のとおりです。

コードを手動で実行すると、エラーは発生しません。

test_file() を実行してもエラーにはなりません

ただし、devtools ワークフローの一部としてテストを実行すると、次のようになります。

なぜこれが起こっているのか、どうすれば状況を解決できるのか、誰にもアイデアがありますか?

バイオコンダクタパッケージ「メチルイルミ」で利用可能なサードパーティ機能を利用したRパッケージを開発しています

最初の R パッケージのコードでは、methylumi を .xml でインポートしlibrary(methylumi)ます。

開発中 (私は roxygen2 と devtools を使用)、すべて正常に動作します。ただし、パッケージをインストールして関数を実行すると、エラーが発生します: could not find function "methylumIDAT".

もちろん、パッケージを手動でインポートすればすべてが解決しますがmethylumi、自分のパッケージをロードするたびに利用できるようにするにはどうすればよいですか?

私の質問はr devtools test() errors but testthat test_file() worksに似ていますが、@hadley のコメントがここにも当てはまるかどうかはわかりません。

個々のファイルのテストは機能しますが、パッケージtestthat::test_fileのテストは機能しdevtools::testません。

これが私のパッケージの唯一のRファイルですR/a.R:

ここに私のテストファイルがありますinst/tests/test-a.R:

を実行するとそのテストに合格しますがtest_file、実行するdevtools::testと次のエラーが表示されます。

それは適切な動作ですか、それともまたはのバグと見なす必要がありますdata.tableかdevtools?

ここに私の環境があります：

更新します。data.table hereに正しく依存するようにパッケージの依存関係を更新しましたが、問題はまだ存在します。

現在、R で複数の問題を抱えていますが、最も基本的な質問の 1 つから始めたいと思います。

GitHubのファイルをRにインストールしたいのですが、なぜかinstall_github機能がないようです。たとえば、次のように入力します。

私は得る

install_packages関数は完全に正常に機能しました。どうすればこの問題を解決できますか?

加えて、バージョン 2.15.2 は、私が使用したいパッケージのほとんどと互換性がないように見えるため、R をアップグレードする方法があるかどうかを尋ねたいと思います。

現在、Linux バージョン 3.6.11-1 RedHat 4.7.2-2 fedora linux 17.0 x86-64 を使用しています。

私はCRANのウェブサイトをチェックしましたが、それらは'09年までさかのぼるRの最も更新されていないバージョンを持っているようでした. この古いバージョンの R から自分自身を更新したいと真剣に考えています。これについても何かアドバイスはありますか?