問題タブ [fiji]

MIJI と TrackMate という Java プラグインを利用する MATLAB の分析スクリプトがあります。次のスクリプトで初期化され、分析する画像ファイルが開かれます。

TrackMate に画像の分析方法を指示するモデルと設定オブジェクトが生成されます。

get(model)が呼び出されると、モデルは次のコンポーネントを返します。

興味深いのは、TrackMate からの分析出力を含むFeatureModelコンポーネントです。実行featMod = get(model,'FeatureModel')すると、以下が 1x1 FeatureModel として返されます。

を指定することで、個々の値を Java 文字列として出力できますが、これは のコンポーネントとして宣言されたトラック フィーチャfeatMod.echo()の値のみを示しており、分析を完了するために必要な出力である宣言されたスポット フィーチャの値は示していません。featMod

スポット フィーチャ宣言コンポーネントから値を取得するにはどうすればよいですか? 目的の出力が得られない理由がわかりませんが、他のコンポーネントが得られます。

具体的に呼び出そうとするとfeatMod.echo('SpotFeatures')、エラーメッセージが表示されます。

クラス 'fiji.plugin.trackmate.FeatureModel' に一致するシグネチャを持つメソッド 'echo' が見つかりません。

Netbeans で ImageJ 関数を使用しており、ImageJ ライブラリ/jar ファイルをプロジェクトに追加しました。これらの関数をインポートしようとすると、「Javadoc が見つかりません。このアイテムの Javadoc ドキュメントが存在しないか、指定された Javadoc が Java プラットフォーム マネージャーまたはライブラリ マネージャーに追加されていません。」というメッセージが表示されます。このメッセージは、基本的な Java 関数ではなく、ImageJ 関数に対してのみ発生します。これは、ImageJ 関数を含むコードを実行したときに発生するエラーのリストに関連していると思います。

ここで、Netbeans によると、Javadoc ウィンドウに URL を追加することでこの問題を修正できることがjavadocs not found と書かれています。Google で見つけた FIJI Javadocs の URL をいくつか追加して指示に従おうとしましたが、エラーは解消されませんでした。既に追加を試みた URL は次のとおりです。 https://javadoc.scijava.org/ImgLib2/ https://javadoc.scijava.org/ImageJ/overview-summary.html https://javadoc.scijava.org/Fiji /

バイト配列 (画像) をエンコードされた URL に変換する必要もあります。これにより、離れたサーバーで解釈できるようになり、処理後に再エンコードしてユーザーに送り返すことができます。

これは、深層学習のホストされたモデルがユーザーによって処理された画像を取得するサーバー (クラウド) をセットアップするためです (研究室では FiJi (imageJ) を使用)。ノイズ (ポアソンとガウス) が除去され、ユーザーはサーバーから直接スタックを受け取り、コンピューターに重いものをインストールする必要がなくなります。

現時点では (私は JS の初心者です。"IJ.log(imageInByte[])" 行については申し訳ありません。バイト エンコーディングが正しく機能しているかどうかを確認する唯一の方法だったからです。

私は現在、この「imageInByte」を URL に変換する方法を見つけるのに苦労しているので、次のステップは、サーバーをセットアップして、この URL を取得し、デコードして、8 ビット イメージを取得し、自分の仕事を実行できるようにすることです。写真（顕微鏡スタック）のノイズを除去し、バイトに再コード化してURLを取得し、ImageJプラグインを介して顧客に再送信し、ローカルホストにモデル全体をインストールせずにきれいな画像を楽しんでください...

私が見つけたものはすべて純粋なJavaまたはWebプログラミングであり、FiJiスクリプトを書いているので、どのように進めればよいかわかりません（解決策を見つけたので、ある言語から別の言語に移行するのに十分な知識がありません.類似していない問題および PLSQL または C++ の場合)

私は通常、「btoa」、「atob」の順に使用しますが、フィジーコンソールは「定義されていません」と返します。多くのバッファリングクラスをインポートしましたが、「定義」されません...

編集：別の解決策は、同じコードを取得することです（これらのJavaライブラリをJythonとしてインポートする方法がわかりません）ので、同じ結果（画像のバイト配列）が得られ、エンコードされたURLを作成する方がはるかに簡単ですPythonなので、これをPythonに翻訳することについても、どんな助けにもオープンです!

フィジーでデータを操作するために使用されるコードを Python で記述したいと考えています。指示に従ってライブラリ「imagej」をインストールし、Anaconda-Python 経由でフィジーにアクセスできるようにしました。これは、2 つの行がどのように見えるかです。

ただし、これらの 2 行を実行すると、次のエラーが表示されます。

どうやら Python は Fiji Updater にアクセスしようとしていますが、アクセスできません (それは私が理解していることです...) このようなエラーなしで Fiji を正しく実行するにはどうすればよいですか? これを無効にする方法はありますか？