問題タブ [graph-tool]

次のようなpandas データフレームからエッジのリストをインポートして、graph-toolで作業を開始しています。df

つまり、基本的に有向辺のリストです。チュートリアルに従って、次のようにグラフツールにインポートしています。

add_edge_list( edge_list )のドキュメントによると: edge_listは形状 (E,2) の ndarray である場合があります。ここで、E はエッジの数であり、各行は (ソース、ターゲット) ペアを指定します。

edge_list = df.values を設定して上記のコードを実行し、グラフを描画すると、次の結果が得られました。

これは、データフレームの元のedge_listの表現ではありません。私は設定しようとし*edge_list* = df.values.tolist()ました：

取得:

これは実際には正しいものです。誰でもこれを再現できますか？ここでの問題は、私が巨大なネットワーク (~4*10^6 ノード) で作業していることです.tolist()。この方法では、プロセスで大量のメモリが浪費されると思います。

編集: グラフを描画するためのコードを追加:

graph1.xml以前のスクリプトで保存したグラフ ( ) を作成しました。そのグラフを読み込んで、描画しようとしています。python2.7（Ubuntu上）で次のように入力すると：

次のようなメッセージが表示されます。

したがって、グラフ オブジェクトには明らかに多数の頂点とかなりの数のエッジが含まれています。したがって、次のコードの実行に進みます。

次のようなメッセージが返されます。

コードを実行したフォルダーを開くと、名前のファイルが表示されますが、test-radial1.pngいくつかの頂点しか表示されていないようです:

それはなぜでしょうか？

現在、モジュール (graph-tool) の現在のリリース バージョン (v1.12) を使用しています。ただし、現在開発中のバージョン (v1.13) も Git 経由で入手できます。これには、リリース バージョンでは実装されていない機能がいくつか含まれています。これらの機能を使用したいのですが、どれだけ安定して動作するかわからないため、現在インストールされているバージョンを上書きするかどうかはわかりません。私の知る限り、開発版はソースからコンパイルする必要があります。コンパイルしてハードドライブにインストールしたら、別の名前でPythonにインポートできることはわかっていますが、古いバージョンのファイルを上書きせずにコンパイルするにはどうすればよいですか? Ubuntu 14.04 を使用しています。

Git ( https://git.skewed.de/count0/graph-tool )からグラフツール v1.13 をダウンロードしました。このファイルは、ソース コードのディレクトリでINSTALL実行するように指示していますが、ファイルが存在しません。インストールするにはどうすればよいですか?./configureconfigure

編集:autoconfディレクトリで実行すると、次のメッセージが表示されます。

これらのメッセージに対して何をすべきか、またはそれらが予期される動作であるかどうかは完全にはわかりませんが、このように作成されたconfigureファイルを実行すると、次のエラーが返されます。

現在、Git バージョンからグラフツール v1.13 をコンパイル中です。configureからファイルを生成できましautogen.shたが、現在問題が発生しています。

実行./configureすると、次のメッセージが表示されます。

私は確認gcc -vしg++ -v、応答を受け取りましたgcc version 4.9.3 (Ubuntu 4.9.3-8ubuntu2~14.04)。私の知る限り、これは C++14 をサポートするはずなので、どこが間違っているのでしょうか? Ubuntu 14.04 を実行しています。

現在、ソースから v1.13 dev をコンパイル中です。を使用して構成ファイルを生成しましたautogen.sh。コマンドを使用して構成スクリプトを実行しています./configure --enable-openmp CXX='g++-5'が、これによりエラーが返されますconfigure: error: No usable boost::iostreams found。v1.12 をコンパイルしたときにこのエラーが発生したことは覚えていませんが、もう覚えていないだけかもしれません。Anaconda にインストールされているブーストのバージョンを確認したところ、最新であることがわかりました。そのため、スクリプトを正しい場所に指定する必要があると思いますが、オンラインで機能する解決策はまだ見つかりませんでした。ここで何が間違っているのでしょうか?

これは config.log の関連するエントリのようです:

編集: を使用してブーストを再インストールapt-get install libboost-all-devすると、構成を実行できますが、次の警告が表示されます:

有向グラフの 2 つのノード間の k 個の最短経路を見つけようとしています。このために、次のコード スニペットを実行します。

これにより、次のエラーが返されます。

なぜそうなるのか、どうすれば問題を解決できるのかについて何か考えはありますか?

そのため、この問題の解決策を見つけるために丸一日を費やしました。14.04 OS のマシンにグラフ ツールをインストールしようとしています。私のマシンには gcc 5 がなかったので、最初はうまくいきませんでした。インストール後、次のことを試しています。

次のエラーが表示されます。

この問題については、graph-tool または stackoverflow のメーリング リストに解決策がありません。誰かがこれで私を助けることができれば、本当に感謝しています.

前もって感謝します。

4GB RAM を搭載したラップトップにグラフ ツールをインストールしようとしています。RAM が十分でないことに気付いたので、こちらの手順を使用してサイズ 4GB のスワップ ファイルを作成しました。ただし、次のエラーが引き続き発生しますsudo make。

問題を理解できません。スワップファイルでメモリを使用するようにシステムに指示する必要がある特定の方法はありますか?

前もって感謝します。