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私は最近、OWL 推論が有効になっているトリプルストアに約 1000 万のステートメントをロードすることの実現可能性について質問しました。

これは、いくつかの StackOverflow コメントと、私の研究グループ内で、本当に OWL 推論が必要かどうかについての議論につながりました。

OWL の推論を必要としないと思われる実際のクエリから始めます。

「41167-4120-0」は、米国における市販医薬品「フェキソフェナジン塩酸塩180MG経口錠［アレグラ］」を識別するNDCコードです。

NDC のわずかに変更されたバージョンは、薬物オントロジー (具体的にはファイルdron-ndc.owl )のラベルとして表示されます。

DrON は次の OWL アサーションを行います。

そして、ChEBI は次のように述べています。

と

したがって、NDC コードと治療上の役割を関連付けるために、次のようなクエリを記述できます。

懸念：

ネストされたサブクラスの関係に理由なくアクセスするのはどうですか?

フェキソフェナジンには「抗アレルギー」の役割があると直接主張されているため、上記の例は簡単でした。

硝酸エステルを服用している人に興味がある場合はどうすればよいですか? ニトログリセリンはニトログリセロールであり、硝酸エステルです。推論を有効にせずにリポジトリを使用した場合、次のようなスニペットを使用して、プロパティ パスを明示的に使用して、硝酸エステルを服用している患者を見つける必要があります (右?)

個体が属するクラスを推測するのはどうでしょうか?

私のオントロジーが次のように言うとどうなりますか

そして、次のようなデータトリプルがあります

そして、バイアグラの錠剤を服用した患者に対するクエリを書きたいと思います。

そのためには、なんらかの形の OWL 推論が必要ですよね?

OntoRefine (GraphDB 8.3 の一部) で OpenRefine 拡張機能を使用することは可能ですか? はいの場合、どのように？

OntoRefine はどのバージョンの OpenRefine に基づいていますか?

R のrrdfまたはSPARQLパッケージを使用して、トリプルストアの内容を調べるのが好きです。内部では cURL を使用していると思います。エンドポイント アドレスとクエリ自体を超えて、追加のパラメーターを受け取ることができます。

cURLベースのクエリに関する GraphDB のメモは次のとおりです。

過去に R からパスワードで保護されたトリプルストアに接続したことは断言できますが、どうやって接続したか思い出せません。スタードッグかブレイズグラフだったかもしれません。

VPN経由で接続します。プレーン テキストの URL に機密データ (パスワードなど) を埋め込まないという通常のルールを緩和できることを願っています。

• URL の一部としてユーザー名とパスワードを含めることで、パスワードで保護された GraphDB (またはその他の RDF4J 準拠のトリプルストア) に接続できますか?
• または、Java または Scala コード内で安全な接続を確立するのではなく、cURL を介して GraphDB との認証済み接続/セッションを確立できますか?

GraphDB ワークベンチで SPARQL クエリを実行した後、(属性のない「ピボット テーブル」タブに加えて) Google チャートを使用していくつかの優れた視覚化を行うことができます。

匿名化された病院の記録がありますが、それでも可能な限り保守的になる必要があります。

GraphDB で提供される Google Charts または Pivot Table タブのいずれかを使用する場合、視覚化を作成するために、クエリの結果はサーバーとクライアント以外のコンピューターに送信されますか?

決定的な答えを知らないが、私自身の研究を行う方法を提案できるなら、私は確かにそれを自分で試してみます. ブラウザの開発者ツールに何か問題があるのでしょうか? パッカー スニファー アプリケーションの使用を避けたいと考えています。