問題タブ [gunzip]

以下を使用して連結した大規模なデータセットを使用しています。cat file1.fasta.gz file2.fasta.gz > newfile.fasta.gz

次に、 newfile を使用して解凍します: を使用gunzip newfile.fasta.gzして、バイオインフォマティクス ソフトウェアで操作します。ガンジップには永遠に時間がかかり、コンピューターを離れて後で戻ってきます。

ある時点でプロセスが失敗し、部分的なファイルが残っているのではないかと心配しています。newfile.fastaの完全な解凍コンテンツが含まれていることを確認する方法はありnewfile.fasta.gzますか?

inb4: "コンピュータから離れないでください"

gunzip一連のファイルを作成し、出力を Python スクリプトにリダイレクトします。Python スクリプトは、入力として 1 つの引数を取得します。次のコマンドを書きました。

しかし、それは私に次のエラーを与えます:

なぜgunzip出力から読み取れないのだろうか。

タスクのドキュメントには、<gunzip>オンザフライ バージョンがあると書かれています。

私の場合、これにより NullPointerException が発生します。

build.xml次のようなものです：

データベースの復元を自動化するための bash スクリプトを作成しました。次のコマンドを実行すると、/my/sql/file/path.sql: No such file or directory が表示されます。

ファイルが存在することを確認するために、ssh先のホストでls -lrotを実行しました。パーミッションが正しいことを確認するためです。

私が間違っていることはありますか？

前もって感謝します！

gunzip は gz ファイルを解凍し、結果を表示します

.gz ファイルに圧縮されたファイル/ファイル名のリストを取得するオプションはありますか

例: sample.gz には 2 つのファイルが含まれています

file1.txt abc

file2.txtの定義

gunzip -c sample.gz o/p:abc def

しかし、ファイル名が必要です。

前もって感謝します。

私はシェルスクリプトの初心者ですが、いくつかのコマンドを知りません。シェルスクリプトの下に書き込もうとしていますが、方向性を教えてください。1. 特定のディレクトリから *.gz ファイルを読み込みます。 2. 別のフォルダに展開します。 3. 元のファイルを別のフォルダに移動します。3 つの個別のシェル スクリプトを実行できますが、1 つのシェル スクリプトを含める必要があります。次に、このスクリプトは cronjob になり、5 分ごとに実行されます。私は以下のように始めようとしていましたが、どういうわけかファイルリストを取得する方法が少し混乱しています。ここで別のスクリプトを実行できますが、1 つのスクリプトに含めたいと考えています。」

PS: ファイルは 5 分ごとに作成されます。

2 つのファイルを含む tar ファイルがあります。

file.tar.gz

ファイルには次が含まれます。

file_1.fastq

file_2.fastq

元のファイルを untar し、untar ファイルを 1 つのコマンドで直接 gzip したいのですが、次のファイルが必要です。

file_1.fastq.gz

file_2.fastq.gz

これを行う方法はありますか？

ありがとう

エーサン