問題タブ [igraph]

どうやらlibigraphおよびは、 Ubuntu 8.04 LTS 64 ビットを介して、またはその下でpython-igraphインストールできない地球上で唯一のパッケージです。apt-geteasy_install

ソースからソースへの両方のインストールはスムーズに進むようです...私がそれらを使用しようとするまで。

Python を実行すると、次のようになります。

または (python-igraph の easy_install バージョンを使用している場合)

ここからソースをつかみました

igraph 0.5.2 = http://igraph.sourceforge.net/download.html

python-igraph 0.5.2 = http://pypi.python.org/pypi/python-igraph/0.5.2

誰かが私を正しい方向に向けることができますか?

ノード A、ノード B の 2 つの列を持つ data.frame があります。フレーム内の各エントリは、ノード A と B の間のグラフのエッジを意味します。

この data.frame を隣接リストに変換するには、ワンライナーが必要です。ヒントはありますか？

G198個の頂点と214個のエッジを持つigraphオブジェクトにネットワークがロードされています。私が実行した場合：

結果eigは、198要素ではなく2172要素のベクトルになります。 パッケージのドキュメントには、「位置の中心性」が返されると記載されていますv。各頂点の固有値の中心性を取得する方法についてのアイデアはありますか？

igraphを使用して、できればを使用して、新しい中心性尺度を構築したいと考えていRます。

どうやってこれを始めますか？

たとえば、igraph C libraryまたは に追加したほうがよいでしょうR interfaceか?

私が持っているデータを使用してネットワークを視覚化し、特定のエッジ長でそれらをグラフ化したいと考えていました。私は Python を使用しており、networkx と igraph を使用してプロットを試みましたが、すべてが固定のエッジ長を割り当てているようです。

a.) コードが間違っていたのか、それともパッケージが実際に機能していないのか疑問に思っています。networkx または igraph の指定されたエッジ長をどのように適切に実装しますか?

b.) networkx と igraph でそれができない場合、どのパッケージを提案できますか? (できれば、80,000 ノード以上を運ぶことができるもの。)

ありがとう！

二部ネットワークを構成する以下の形式のデータがあります。

私がやりたいことは、(理想的には python または C で) 何かを書くか、既存のライブラリを使用してデータ内の個々のコミュニティを識別することです。例えば

A1、A2、A3、A4 はすべて同じコミュニティの一部です。なぜなら、A5、A6、A7、A8、A9 はすべて B3 と B4 に接続されているのと同様に、B1、B2 に接続しているためです。

私の問題がどこにあるのかについて、ネットワークフローとグラフに関するさまざまな記事をたくさん読んで、少し混乱しています。これは幅優先検索の単なる形式ですか、それともこれを行うためのより効率的な手段はありますか?

ありがとう

ボックスと円の2種類のノードを持つグラフ（ツリー）をレイアウトしたいと思います。

これはigraphで可能ですか？最小限の例はどのようになりますか？

Rでigraphを使用してツリーをプロットするのは非常に簡単です

ルート (ノード 0) がプロットの一番上になるように、「グラフを回転させる」ことは可能ですか? または、代わりに、ルートを左中央に配置することは可能ですか?

これらのグラフでさまざまなグラフアルゴリズムを実行する他のプロセスに対して読み取り専用で、共有メモリを介してグラフを共有するマネージャープロセスが必要です。この問題の調査中に出てきたいくつかの質問をしたいと思います。

• 読み取り専用の shm で (おそらく独自の) グラフ構造を操作できるグラフ ライブラリはありますか? つまり、アルゴリズムはワークスペースと結果バッファーをローカル プロセス メモリに持つ必要があり、グラフ構造で宣言されたバッファーは使用しません。

• 私が知っている有名な 2 つのライブラリはigraphとBoostです。私は前者の C インターフェースについてよく知りませんし、Boost はまだ使用したことがありません。このトピックに関する経験はありますか (shm の互換性に関して)?

• Boost ドキュメントを見ると、shm をサポートする Boost.Interprocess パッケージがあることがわかります。

  • 最初は、mmaped shm (Linux プラットフォーム) で手動で作成した shm を使用することを考えました。Boost はこの方法よりも優れており、推奨されますか?
  • Boost Graph ライブラリは、手動の shm または Interprocess と一緒にうまく機能しますか?

これらの質問に関する洞察とは別に、グラフ処理と共有メモリに関するあなたの経験について読んでいただければ幸いです。ありがとう！

networkxを使用してグラフを操作しています。私はかなり大きなグラフ（200ノード近く）を持っており、2つのノード間のすべての可能なパスを見つけようとしています。しかし、私が理解しているように、networkxは最短経路しか見つけることができません。最短経路だけでなく、すべての可能な経路を取得するにはどうすればよいですか？

UPD：パスには各ノードを1回だけ含めることができます。

UPD2：ここで説明されているfind_all_paths（）関数のようなものが必要です：python.org/doc/essays/graphs.htmlしかし、この関数は多数のノードとエッジ付き=（