問題タブ [lyx]

ご存じかもしれませんが、正確なロジスティック回帰と呼ばれる手法があります。UCLA の idre は、優れた分析例を提供します。( http://www.ats.ucla.edu/stat/r/dae/exlogit.htm ) 分析例を実行すると、knitr (+ lyx) のエラーに直面します。

Web ページの構文リストの途中で、次の構文を使用するとエラーが発生します。Knitr はチャンクをうまく解釈しているようですが、lyx は pdf 出力に関連するエラーを生成します。

lyx は次のようなエラー メッセージを生成します。

一方、lyx のエラー ボックスには、次のメッセージが表示されます。

ただし、上記のチャンクの構文は、R ターミナルで問題なく機能します。チャンクに Knitr オプションを追加する必要がありますか? では、それは何ですか？前もって感謝します。

ジョンファ

最後の 2つの質問は恥ずかしいものでしたが、これは本物だと確信しています。私のシステムは新規インストールなので、OS 以外のバージョンは最新です: Windows 7 SP1、R-3.0.1、Lyx 2.0.6、knitr 1.2、gdata 2.12.0.2。

まず、gdata が RGui で正しく動作することに注意してください。さて、コンパイルしようとしているドキュメントは次のとおりです。

そして、これが出力です。

gdata パッケージは、コマンド ラインから呼び出された Rscript でも正常に読み込まれます。私は LyX を使用して .Rnw ファイルをエクスポートしました。このファイルは、RGui と、コマンド ラインから Rscript に渡されたスクリプトから正常に編成されます。

私が最初にコンピュータを使い始めたとき、私は同様の（またはおそらく同じ、エラーメッセージの正体を断言することはできません）問題を抱えていました. その時はWindows 7のユーザーアカウント制御が原因で、管理者としてRを自動的に実行する方法を見つけたときに解決されました（クリックスルーなし-甘い）。そこで、R フォルダー、LyX フォルダー、私のパッケージ フォルダー、MikTeX など、読み取り専用属性と関連するすべてのセキュリティ制限を削除しようとしました。運がない。

次は何？

ETA: 私の知る限り、LyX から呼び出された R スクリプトは gdata パッケージをロードできません。ファイル コンバーターを変更して、stdout と stderr をファイルに書き込むようにしました。これにより、上記のスクリーンショットと同じエラー メッセージが表示されましたが、前に次のメッセージが表示されました。

@INC で Data/Dumper.pm が見つかりません (@INC には次が含まれます: C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl C:/Program Files (x86)/MiKTeX 2.9/miktex /lib .) C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/module_tools.pl 11 行目。

BEGIN が失敗しました -- C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/module_tools.pl 行 11 でコンパイルが中止されました。

C:/Users/cyanofsky/Documents/R/win-library/3.0/gdata/perl/supportedFormats.pl 行 9 でコンパイルが失敗しました。

running 'C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64\Rterm.exe --slave --no-restore --no-save --no-restore --file=C:/Program Files (x86)/LyX 2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R --args C:/Users/cyanofsky/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp8008/lyx_tmpbuf3/xxxxxxxxx.Rnw C:/Users/cyanofsky/AppData/Local/ Temp/lyx_tmpdir.Hp8008/lyx_tmpbuf3/xxxxxxxx.tex ISO-8859-15'

ETA: Data/Dumper を検索すると、次のように表示されます。

http://help.directadmin.com/item.php?id=189

インストールした Perl64 に Data モジュールがあることを確認しました。C:\Perl64\lib にあります。したがって、これはどこかのパス変数が正しく構成されていない場合です。これは LyX のパス プレフィックス変数ではありません。いいえ、いいえ、それは簡単すぎるでしょう。

Yihuiの答えごと：

GUI (この場合は RStudio) 内から:

以下は、Rscript への呼び出し内からのものです。

私はknitrLyXを入手して再インストールし、新しいOSのセットアップに取り組んでいます。私は以前にそれを機能させました。R の最新バージョン (3.0.1)、Knitr はバージョン 1.3.3、MiKTex 2.9 ディストリビューションを含む LyX 2.0.6、および RStudio 0.97.551 を Windows 7 Enterprise コンピューターにインストールしました。Lyx を開いてチュートリアルを表示するだけで pdflatex 出力を取得できるので、基本的なシステムは機能しています。

Knitr で持っていた古い LyX ファイルを実行しようとしましたが、失敗しました。Rnwファイルが作成されなかったため、最初はパスに問題があるように見えました。pdfファイルの作成が完了したため、以下のエラーのように変換に失敗しRnwます。

下にリンクされている Yihui Xie の 2 つの例を使用すると、どちらも LyX で PDF にコンパイルできません。ファイルをRスタジオに持ち込んでRnwpdfにコンパイルしようとすると、knitr-intro.Rnwここで見つかった（リンク）で機能しますが、LyXファイルから作成opts_chunkしようとすると失敗します（こちら）。knitr-minimal.Rnw

どんな助けでも大歓迎です

更新：以下のYihuiの回答は部分的に役立ちます。

Knitr に変更することで、Rstudio の問題を解決しました。

また、LyX の問題も部分的に解決されました。LyX には R へのパスがありましたが、実際には次のパスがありました。さらに 1 つ下の C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64 に移動します。

R チャンクを実行できるようになりましたが、いくつかの例をコンパイルするのにまだ問題があります。コンパイルできますknitr-minimal.lyxが、できませんknitr-graphics.lyx。これは、フォントまたは tikzDevice と関係があるのではないかと推測しています。また報告します。ありがとう

UPDATE2: 実際、tikzDevice は R 3.0.1 では使用できないため、そのデモの失敗を説明しています。extrafontsR を介してファイルにフォントを追加した後、仕事に戻りました。ありがとう！

ニット初心者です。パッケージが気に入り、LyX でコンパイルすると 2 つのプロットが並んで表示されないことを除いて、すべてがうまくいっています。何が起こっているのかわかりません。knitr グラフィック マニュアル (knitr-graphics.lyx) の例を逐語的にコピーしているためです。

私のLyXコード（Figure Float内）：

画像を投稿することはできませんが、コンパイルされた pdf では、プロットが横に並んで表示されるのではなく、下に表示されます。

私のコードは、knitr グラフィック マニュアルから直接コピーされたので、プロットが横に並んでいない理由がわかりません。

乗数を変更out.widthすると、プロットの幅が変更されますが、同じ線に表示されることはありません。

助言がありますか？

LyX バージョン 2.0.5.1 R バージョン 3.0.1 Knitr 1.5

私は Lyx (2.0.6) で短いレポートを書いています。R コード (3.0.2) の 6 つのチャンクがあり、それぞれがプロット (つまり、6 つのプロット) を生成します。問題は、プロットが常にページの上部に表示されるのに対し、プロットが常にそれを生成したコードのすぐ後に続くことです。チャンク オプション fig.show="asis" とドキュメント -> 設定 -> フロート配置 -> ここを確実に試しましたが、どちらも効果がないようです。助言がありますか？

Knitr と組み合わせて tikzDevice を使用したいのですが、Yihui のコードの外部化 (Stat546-HW4-Xie.lyx) デモを動作させることができません。

Rscript がパスにあり、Lyx の「メッセージを表示」すると次のことが明らかになります。

「Lyx で Sweave を使用する」に従ってセットアップを行い、R コードが RStudio 内から機能することを確認しました。

よろしくお願いします。

Lyx バージョン: 2.0.7 R: 3.0.2 MiKTeX: 2.9

アップデート：

私が発見したのは、ファイル (.lyx、.R、.csv) をドロップボックスからコピーしてデスクトップから実行すると機能することです。ドロップボックス パスにスペースがあると問題になりますか?