問題タブ [nmf]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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octave - オクターブ nmf_bpas エラー: 垂直寸法の不一致 (8x1 対 1x400)

オクターブでの非負行列因数分解に問題があります。私は Emg データから相乗効果を推定しようとしていますが、octave では 2 つ以上の相乗効果に対してのみこれを行うことができ、1 つに対してはできません。以下のコードで問題を再現できました。nmf_bpas は、octave-forge の線形代数 pkg に含まれています。

この入力で、次のエラーが発生します。

次のように k>1 を定義すると機能します

この入力では問題なく動作し、出力行列は W2 (4x2) と H2 (2x20) です。

同じ問題は、nnmf の他のコードで試して、入力データ Winit と Hinit を行列 (4x1) と (1x20) に指定した場合です (例:[W, H] = nmf_pg (V, Winit, Hinit, tol, timelimit) 、マキシター))

matlab では nnmf 関数で動作します。

喜んでお手伝いします

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python - URDオブジェクトを使用したNMF計算?

scRNA-seqデータを使用してURDチュートリアルに従っています。(リンク: https://www.cell.com/cms/10.1016/j.neuron.2020.09.023/attachment/c0171ed1-7d01-4029-b0be-2dbba2aa5240/mmc2 )

チュートリアルに従っているうちに、「urd_object@logupx.data を Python で記述された外部 NMF パイプラインに提供する」ことによって計算された NMF 結果をロードする必要があることがわかりました。基本的に、Python で URD オブジェクトから NMF を計算する方法を知りたいと思っています。どのパッケージで..

NMF 計算用のわかりやすいパッケージを検索するためのヘルプが必要です。

前もって感謝します!