問題タブ [parallel-foreach]

クラスターを登録せずに実行するforeach... %dopar%と、foreach で警告が発生し、コードが順番に実行されます。

収量:

ただし、クラスターを開始、登録、および停止した後にこの同じコードを実行すると、失敗します。

収量:

registerDoParallel()クラスター登録をクリーンアップする反対の方法はありますか? それとも、R セッションを再起動するまで、古いクラスターのゴーストが残るのでしょうか?

/編集: いくつかのグーグルは、 bumphunter Biocondoctor パッケージのbumphunter:::foreachCleanup()機能を明らかにします:

ただし、この機能は問題を解決していないようです。

foreach は、登録されたクラスターに関する情報をどこに保持しますか?

Linux x64foreachでパッケージを使用してステートメントの出力を結合しようとすると、問題が発生します。doMC

実際、predは最初の予測を持つベクトルであるため、他のラベルはまったく実行されていません。これはうまくいくので、これは奇妙です：

PS .:doSNOW()同じエラーが発生します。明確にしていただきありがとうございます。

パッケージで使用foreachしてdoParallel、次のような異なる次元の 2 つのデータ フレームのリストを返すとします。

はオブジェクトを返すためforeach、(少なくとも私には) 上記を で行う明白な方法はありませんforeach。

注: これは私が実際に取り組んでいる問題の単純化されたバージョンであるため、lapply (またはそれらの線に沿ったもの) を使用して問題を解決することはできません。私の質問の精神は、 でこれを行う方法ですforeach。

foreach パッケージを使用して、HPC を使用してモンテカルロ シミュレーションを並行して実行しています。foreach が必要な結果を返すことに問題はありませんが、ワークスペースを定期的に保存できるかどうか疑問に思っています。私が尋ねる理由は、ウォールタイム (その後ジョブが終了した後) を指定する必要があるため、1.ウォールタイムを低く設定し、foreach ループが終了して出力を保存する前にすべてを失うリスクがあるか、または 2.保守的な設定を設定することです。 walltime と割り当てを浪費しています。理想的には、出力を定期的に保存できるようにしたいと考えています。その場合、ジョブが終了してもデータが残っています。

例えば：

しかし、'temp_save' は空です。おそらく、'results' は foreach ループが終了した後にのみ生成されるためです。foreach ループが完了する前にこれらのデータにアクセスして保存する方法はありますか? ご協力いただきありがとうございます。

以下の bigrf の例を doMPI バックエンドで並列化しようとしています。

ただし、一部のスレッドでは bigrf パッケージの C 関数である「modaC」が認識されず、次のエラーが発生するようです。

トレースバック

とセッション情報

doMPIのような明示的に要求された変数のみを渡すことは既に知っていますが、modaC のbig.matrix方法はわかりません。obtainpass

foreach ループの結果行列に名前を付ける適切な方法についての質問です。これは機能しますが、少し冗長です。もっと簡単な方法があるのではないかと思います。