問題タブ [pbs]

私のコードでは、ジョブID、ノード名などのqsub出力情報を使用したいので、ノードが割り当てられたときにqsub出力をファイルにリダイレクトすることを考えています。私のコード。

たとえば、次を使用してインタラクティブ ノードをリクエストすると、

これらの出力を取得しています

ノードの割り当て時に、これらの情報をテキスト ファイルにリダイレクトできますか?

私は何かを試しました

そして、それは私にエラーを与えました

PBS ファイルで for ループを並列化することはできますか?

以下は私の試行.pbsファイルです。4 つのノードを割り当て、同時にノードごとに 16 のプロセスを割り当てたいと考えています。これは正常に完了しましたが、現在 4 つのジョブがあり、各ノードに 1 つのジョブを送信したいと考えています。(アルゴをキューに入れると、使用しているクラスターで 4 つの個別のジョブを送信するのに数日待たされるため、これを行う必要があります)

ジョブは独立して実行され、同じデータを使用しません。同じ pbs スクリプトからノードごとに 1 つのジョブを実行できますか?

ありがとうございました。

コマンド「qstat -a」は、ステータス「C」の完了したジョブに関する多くの情報行を出力します。彼らは永遠にとどまるようです。これらのジョブはすでに「完了」しているため、これらの不要なジョブ情報をクリーンアップする方法は? ありがとう！

を通じてR呼び出されるスクリプトを実行しようとしています。私のスクリプトは次のとおりです。test.rqsubR

Ubuntu ターミナルで と入力R CMD BATCH test.rすると、スクリプトは計画どおりに動作します。test.csv同じディレクトリにエクスポートされます。

ただし、というbashスクリプトを作成testbash.shし、コマンドで実行するとqsub testbash.sh; エラーなしで実行されますが、出力はありません。

これを修正する方法は？

Torque サーバーをインストールし、ノードを追加すると、問題なく動作します。

しかし、ジョブ構成の仕組みがわかりません。

これが私のジョブ構成です: "#PBS -l vmem=128mb", 私のジョブはより多くのメモリを使用するため、Torque サーバーはプロセスを強制終了します。値を大きくするとうまくいきます。

pvmem = ジョブ内の単一プロセスが使用する仮想メモリの最大量。(Unicos では無視されます。)

メモリを超えたときにプロセスを実行できるようにするサーバー構成がありますが、この情報は見つかりませんでした。

現在、クラスターで次のことを行っています。

(i) qsub-X -I -l walltime=60:00:00,nodes=1:ppn=8

(ii) 次の内容の myjob (./myjob を使用) を送信する

(iii) これを送信した後、(i) を使用して qsub という新しい接続を開き、myjob ファイルを編集します。つまり、i を {1,-1} から {2,-2} に変更し、./myjob を送信します。

これを i=1,-1 から i=20,-20 まで繰り返します。

これを自動化する方法はありませんか？ジョブ配列や for ループなどを使用してこの作業を行うために 1 日 (実際には 1 日以上) を費やしました。160 個のプロセッサを要求してこのジョブを送信する簡単な方法があるはずです。コンピューティングでその段階に進んだ?

どんな助けも非常に高く評価されています。

PS - はい、私はコンピューターの魔法使いではないことを認識しています。私の無知をお許しください。