問題タブ [pydicom]

dicom ファイルから画像データを抽出するために pydicom を使用しています。残念ながら、pydicom は直接使用できるデータの numpy 配列を直接抽出できませんが、すべての値を 16 進数で含むデータ文字列を取得します (iefeks..\x03\x80\x01\x0c\xa0\x00\x02P\x00\x04@\x00\t\x80\x00\x03...画像データが JPEG2000 形式でエンコードされていることはわかっています。方法はありますか?これらのデータから画像を再構築しますか?私はすでに試しました

しかし、そこでエラーが発生します

これらのデータから画像を作成する別の方法はありますか?

PythonでDICOM画像を処理するアプリを作成しています(Pydicomライブラリを使用)。残念ながら、私が読んだチュートリアル（fe here）によると、最初から存在すべきではない問題で立ち往生しています。

コードは単純で、次のようになります。

Pydicom 0.9.9 を pip でインストールしました (使用すると表示さpip listれます。PyDev プラグインを使用して Ecplipse でコードを書いています。

テキスト エディターは、「インポートからの未定義の変数: read_file」コメントで「read_file」部分が無効であることを検出し、コンパイラーは次のように言います。

奇妙なことに、ネットで入手できるチュートリアルの 1 つからコードを直接コピーしても、同じままです。そのトピックのソリューションを使用しても機能しません。私はゆっくりと合理的な解決策を使い果たしていますが、何が間違っているのかまだ完全にはわかりません。

PS dicom/examples フォルダーからコードを読み取る例の dicom を開く:

コマンドラインから実行すると、問題なく動作します。それにより、コードの何が問題なのか、さらにわからなくなります。

編集:コマンドラインまたはQt IPythonコマンドラインからコードを実行すると、Eclipse/PyDevだけがその問題を抱えているようです。問題なく動作します。では、Eclipse の問題は何でしょうか? 遭遇したことのある方はいますか？

このスクリーンショットをご覧ください：

パッケージ pydicom は既にインストールされていませんか?

Igor の功績: 「import dicom」を使用して Sublime Text 2 のビルドで動作しているようです。ただし、PyDev 環境を使用した Eclipse ではまだ動作していません。

***手動でPythonインタープリター構成にパスを追加した後、Eclipseで問題を解決しました（どういうわけか、自動構成はこのパスを追加しませんでした.）。

元の pixel_array を新しいものに変更したい DICOM RT Dose ファイルがあります。問題は、特定のピクセルに新しい値を与えると、プロセスのどこかでランダムに変化することです。交換用のコード ブロックを以下に示します。問題がどこにあるかを確認するためだけに、一度に 1 ピクセルずつ交換を行うので、はるかに高速に実行できることがわかります。

元の pixel_array は dosem.pixel_array で、新しいものは pixel_arrayFLK です。何が起こるかの例として：

pixel_arrayFLK[86][85][78] の値は 65813 です。元の dosem.pixel_array[86][85][78] の値は 62947 です。交換後も pixel_arrayFLK[86][85][78] の値は値 65813 に対し、dosem.pixel_array[86][85][78] の値は突然 277 になりました。

印刷関数は以下を生成します:

ただし、pixel_arrayFLK のすべての値を 2 で除算すると、交換は正常に機能します。何が起こっているのか本当にわかりません。DICOMファイルのデータ型と何か関係があるのでしょうか? DICOM に含まれるその他の情報:

Bits Allocated = 32、Bits Stored = 32、および High Bit = 31 の別の DICOM ファイルがあります。このファイルの pixel_array 交換は一見問題なく動作します。

私は新しい Ubuntu と Python なので、助けていただければ幸いです。

dicom 画像で動作する Python プログラムを作成する必要があります。(MRIデータ)

私はpydicomをインストールしました：

(pip install と comda install を試した後) conda list I sea: "pydicom * 0.9.8 py27_0 auto "

実行時: import dicom Jupyter ノートブックでは、次のようになります。

（「pydicomをdicomとしてインポート」と同じエラーを試しました）

Ubuntu バージョン: Ubuntu 14.04.4 LTS conda 4.0.6 Python 2.7.11 :: Anaconda カスタム (64 ビット) Jupyter バージョン: 4.1.0

環境変数に問題があると思われます.ipythonノートブックを実行しようとすると、次のようになります:

しかし、jupyter ノートブックは動作しています。

実行すると:locate -i dicom スパイダーディレクトリにのみdicomが表示されます:

/home/naomi/anaconda/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.py /home/naomi/anaconda/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.pyc /home/naomi/anaconda /pkgs/spyder-2.3.5.2-py27_0/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.py /home/naomi/anaconda/pkgs/spyder-2.3.5.2-py27_0/lib/python2.7/site -packages/spyderplugins/io_dicom.pyc/home/naomi/anaconda/pkgs/spyder-2.3.8-py27_1/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.py/home/naomi/anaconda/pkgs/spyder -2.3.8-py27_1/lib/python2.7/site-packages/spyderplugins/io_dicom.pyc

実行するとlocate -i pydicom 、ディレクトリが取得されません。インストールされていますか？