問題タブ [pygsl]

スティッフな ODE を Python に統合する優れたライブラリを探しています。問題は、scipy の odeint が良い解決策を提供してくれることもありますが、初期条件を少し変更すると、落ちてあきらめてしまうことです。同じ問題は、MATLAB のスティッフ ソルバー (ode15s および ode23s) によって非常にうまく解決されますが、(Python からでも) 使用できません。これは、MATLAB C API の Python バインディングがコールバックを実装しておらず、関数を渡す必要があるためです。 ODE ソルバーに)。私は PyGSL を試していますが、恐ろしく複雑です。どんな提案でも大歓迎です。

編集: PyGSL で私が抱えている特定の問題は、正しいステップ関数を選択することです。それらのいくつかはありますが、ode15s または ode23s に直接類似するものはありません (意味がある場合は bdf 式と変更された Rosenbrock)。では、スティッフなシステムに対して選択する適切なステップ関数は何でしょうか? このシステムを定常状態に確実に到達させるために非常に長い時間解かなければならず、GSL ソルバーは非常に小さい時間ステップまたは大きすぎる時間ステップを選択します。

Python プログラムで分布関数を使用しようとしています (私が見つけたランダム関数; 特に gsl_cdf_beta_Pinv() を探しています) が見つかりません。プログラムでこれらまたは高速な代替手段を使用する方法を教えてもらえますか?

ありがとう、

マーク Ch.

GCC の最新バージョンを使用して pygsl をインストールしようとしています。

エラーが発生します：

何がこれを引き起こしているのでしょうか？ありがとう。

Debianにpygslをインストールすることは可能ですか？私はパッケージを使用していますが、Debianを使用している人は、パッケージを台無しにせずにインストールする方法がわかりません（apt-getにないため）。

Python 2.7 と GSL 1.15 がインストールされたコンピューター (64 ビット Windows 7) に PyGSL をインストールしようとしています。私はかなり立ち往生しており、追加の助けが欲しい. GSL は正常にインストールされましたが、問題はラッパーです。何らかの理由で、pygsl をビルドできません。どうやら gcc が問題です (別の Windows マシンでも同じ問題が発生しました)。または、コンピューターが x86 のときに、pygsl が AMD64 という名前のファイルを使用しているように見える可能性があります。pygsl に Windows バイナリを使用したいのですが、それは python 2.5 用にしか存在せず、私のプロジェクトには 2.6 以降が必要です。GSL 用の Windows バイナリとソースからのビルドの両方を使用しましたが、どちらの方法でも同じ問題が発生します。GSL から pygsl に dll をコピーしようとしましたが、うまくいきませんでした。一部のフォーラムで gsl.dll というファイルが言及されていましたが、見つからないようです。私'

私が実行したコマンド：

何か案は？？ありがとう。

乾杯、ベレケット

Windows コマンド プロンプトと同じメッセージが Cygwin で表示されます。エラーメッセージ：

非線形最小二乗フィッティングに pygsl の multifit_nlin モジュールを使用しています。pygsl は、C 数値ライブラリ gsl の python バインディングです。私が経験している問題は、pygsl または gsl に関連しているようには見えませんが、このコンテキストでのみ発生します。

関数のパラメーターをいくつかのデータに当てはめています。パラメータ フィッティングに pygsl を使用するには、関数とその jacobian を定義する必要があります。次に、multifit_nlin のフィッター lmsder は、フィッティング プロセスで必要に応じて、これら 2 つの関数を呼び出します。ヤコビアンを呼び出すと、数値の行列が生成されます。この行列を画面に出力すると、数値が正しいことがわかります。次に、lmsder クラスを定義し、lmsder.set コマンドで初期化します。lmsder.getJ() コマンドを使用してヤコビアン行列を画面に出力すると、以前と同じ数値が表示されます。もちろん、これは私のコードでやりたいことではありませんが、説明とデバッグのみを目的としています。

jacobian と lmsder.getJ() の出力間の一致は、 lmsder.getJ() が jacobian 関数によって生成されたメモリ内の jacobian 行列にアクセスするため、予想されるものです。ただし、コード行を挿入する場合は、次のように print 'bob" (またはその他) とします。

ここで ... は適切な引数を意味します。次に、print solver.getJ() は、下位の行がランダムなコンテンツで満たされたヤコビ行列の転置である行列を出力します。繰り返しになりますが、これは set() 呼び出しと getJ() 呼び出しの間に余分なコード行がある場合にのみ発生します。

コードを正常に実行すると、つまり、フィッティング プロセス全体を実行すると、コードはエラーなしで動作します。ヤコビ行列が実際に getJ() コマンドが示すものである場合、例外が発生する可能性のある場所がかなりあります。したがって、コードが機能することは確かです。また、パラメーターに対して取得した値が妥当であるためです。

私はまた、pygsl が gsl の c ライブラリーに至る一連の呼び出しを追跡しました。この問題を引き起こすものは何もありません。また、gsl は古くから存在しており、マトリックスを表示するような単純なものは何年も前に修正されていたでしょう。

この問題の原因について何か提案はありますか? ガベージ コレクター、インポート ステートメントの順序が正しくない、マルチコア? メモリ リークやガベージ コレクション プロセスをチェックするには、どのツールを使用できますか?

ありがとう、アレクサンダー

私はすでに gsl ライブラリを持っていて、私の Mac (OS X 10.10.3) に pygsl をインストールしようとすると、(最後の行だけを投稿しています)

エラーを示す行は次のとおりです。

「cc」の問題について別の回答を確認したところ、使用が提案されました

その後

しかし、機能していません

私が持っているccバージョンは次のとおりです。 Apple LLVM version 6.0 (clang-600.0.57) (based on LLVM 3.5svn)