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For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - 2 つのベクトルを比較する FDR
2 列 (サンプル、実験条件) とn行 (遺伝子など) の行列が与えられ、2 つのサンプル間で (特定の FDR で) 大幅に変化した遺伝子を特定することを目的としています。
Rを使用してこれを実行する方法は?
以下は、fdrtoolp 値のベクトルから FDR を計算する方法を示すパッケージ マニュアルの例です。
しかし問題は、p 値ではなく、観測のベクトルが 2 つしかないことです。何か案は？
使用できるサンプルデータは次のとおりです。foo <- matrix(runif(1000), ncol=2)
反復情報や p 値などはないと思います。しかし、2 つのサンプル間で値が大きく異なる遺伝子には、より強力な証拠があることは確かです。この状態で FDR を割り当てる方法はありますか?
python - Python での調整済み p 値の計算
そのため、Python で調整された p 値 (別名、修正された p 値、q 値、FDR) を取得する方法を探していましたが、実際には何も見つかりませんでした。というR関数がありますp.adjustが、できれば Python コーディングにこだわりたいと思っています。Pythonに似たものはありますか？
これがどういうわけか悪い質問である場合は、事前に申し訳ありません! 最初に回答を検索しましたが、何も見つかりませんでした (Matlab バージョンを除く)。
r - Smooth.spline(lambda, pi0, df = Smooth.df) のエラー: qvalue パッケージ内
データ フレームに 1493313 個の p 値があります。
qvalue パッケージを使用して真陽性率を計算しようとしています。(TPR)
私はこれを行っており、エラーが発生しています:
これが機能する場合、次の方法で TPR を計算します。
そこにはNAも無限値もありません。
hist(dt$pvals) のプロット
RでTPRを計算する他の方法を知っている場合は、qvalue関数を使用する必要はありません.