問題タブ [rdkit]

makeUbuntu 11.10 でコマンドを使用しようとしていますが、エラーが発生します。

g++ -g -O2 -fPIC -fPIC -Wall -Wpointer-arith -Wendif-labels -Wformat-security -fno-strict-aliasing -fwrapv -fexcess-precision=standard -g -fpic -Wno-deprecated -Wno-unused-関数 -I/usr/local/include -I/home/jochen/RDKit/Code -DRDKITVER='"004000"' -I/usr/local/include -I/home/jochen/RDKit/Code -DRDKITVER='" 004000"' -I. -私。-I/usr/include/postgresql/9.1/server -I/usr/include/postgresql/internal -D_GNU_SOURCE -I/usr/include/libxml2 -I/usr/include/tcl8.5 -c -o adapter.o アダプター.cpp

cc1plus: nicht implementiert: -fexcess-precision=C++ の標準 make: * [adapter.o] Fehler 1

GCC、G++、および build-essentials をインストールしました。

からの出力gcc -v:

Es werden eingebaute Spezifikationen verwendet. COLLECT_GCC=g++ COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.6.1/lto-wrapper Ziel: i686-linux-gnu Konfiguriert mit: ../src/configure -v --with-pkgversion=' Ubuntu/Linaro 4.6.1-9ubuntu3' --with-bugurl=file:///usr/share/doc/gcc-4.6/README.Bugs --enable-languages=c,c++,fortran,objc,obj-c++ ,go --prefix=/usr --program-suffix=-4.6 --enable-shared --enable-linker-build-id --with-system-zlib --libexecdir=/usr/lib --without-included -gettext --enable-threads=posix --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.

これはどのように修正できますか？

事前にコンパイルされたバージョンのboost1.49を使用して、Python 2.7（rdkit_201106 + dfsg.orig.tar.gz）用のubuntu11.10でRDKitをビルドするのに何時間も費やしました。そして、私は惨めに失敗しています。

繰り返し発生するエラーは、CMakeGUIにあります。

何か助けてください？

以前の問題を解決しましたが、インストール手順に従ってrdkitをインストールしたにもかかわらず、Pythonを実行するとこのエラーが発生します。

私が使うとき

コマンドラインでは、cgi スクリプトとは異なる環境変数を取得します。cgiスクリプトを介してpython環境変数を取得する方法はありますか?

使用する

同じパラメータが得られません。

助けてください。

編集:

たとえば、コマンドラインで私の環境パラメーターは

しかし、私のcgiスクリプトからは次のとおりです。

cgi-script を介して環境変数 (コマンドライン) の最初のセットが必要です。

cgiスクリプトでインポートすると

エラーが発生します

しかし、コマンドラインではエラーは発生しません。

PYTHONPATHが含まれています

「/home/galaxy/working:/home/galaxy/working/RDKit:/home/galaxy/working/mgltools_x86_64Linux2_1.5.4/MGLToolsPckgs:/home/galaxy/working/mgltools_x86_64Linux2_1.5.4/MGLToolsPckgs」

を使用してsys.pathを更新します

私の Web アプリケーションには、次のコードがあります。

これにより、apache でクラッシュすることがログに記録されています。

この問題は LD_LIBRARY_PATH が原因のようですが、wsgi.py ファイルに設定しました。

VirtualHost apache conf と同様に:

同じマシンのコマンドラインから問題なくこれを実行できます：

もちろん、スクリプトに LD_LIBRARY_PATH の実際の値を出力させることもできるので、正しく設定されていること、ファイルとパスが存在すること、および権限が適切であることを確認できます。

ldd libRDGeneral.so.1.2012.09.1 を実行して、すべての依存関係が満たされていることを確認できます。

では、何が問題なのですか？他に何ができますか？どうすればデバッグできますか? 助けてください。

こんにちは、svg (2D 線画) とドキュメント コンテキストが動的に生成される Django テンプレートによってレンダリングされたドキュメントで svg インラインを提供しようとしています。svg_string は私の django コンテキストに入れられ、テンプレートによってレンダリングされます。

私が使用している django のバージョンは 1.4.2 で、Python のバージョンは 2.7.3 です。svg は完全にレンダリングされます。

代わりに、django（1.4.2）開発サーバーを使用してビューを含むSVGをテストしようとするとhttp://127.0.0.1:8000

Chrome、Firefox、および Safari でレンダリングされた svg のテキスト ラベルのみを取得します。

ただし、2 つの svg には 1 つの違いがあります。これらは、バックエンドで cairo を使用する rdkit Cheminformatics ライブラリのさまざまなバージョンによって生成されます。

svg を提供する本番サーバーには、html ページのビューソースに次のような svg があります。

開発サーバーの svg は、テキストとして表示すると異なる構造を持ち、次のような動作を示します: ファイルに保存した後、ブラウザーでレンダリング: 機能します。content-type を xhtml+xml に強制した後、ブラウザでレンダリング: 動作します。

デフォルトの content-type ではインラインでレンダリングされません。フォントのみ表示されます。

svgは次のようになります

悲しいことに、xhmtl+xml を使用すると、すべての css と javascript (ブートストラップ) が破損するため、実行できません。

開発中にこの svg を正しくレンダリングするために、他の提案された回避策を試しましたが、うまくいきませんでした。

xhtml+xml コンテンツ タイプを使用せずに、上記の rdkit ライブラリによって提供されるインライン svg を開発サーバーでレンダリングする方法はありますか?

化学分子の保存を可能にするpostgresqlカートリッジを提供する化学情報ツールキットであるrdkitを使用しています。次のようにdjangoモデルを作成したい：

したがって、「rdkit_mol」をrdkit postgresデータベースカートリッジタイプ「mol」にマップしたいと思います。SQL では、次のような構文を使用して「smiles」文字列から「mol」列が作成されます。

これらは、カートリッジによって定義された「mol_from_smiles」データベース関数を呼び出して、mol オブジェクトを作成します。

保存中にデータベースにこの列の作成を処理させる必要があります。rdkit_mol 列に入力する mol_from_smiles 関数を実行する postgres でカスタム TRIGGER を定義できます。

また、django モデルを返す mol カスタム機能を使用してクエリを実行できるようにしたいと考えています。たとえば、SQL クエリの 1 つで、化学的にこのような化合物モデルを返すことができます。現在SQLで私は

これにより、基本的に化学「化合物」オブジェクトが返されます。

私の質問は次のとおりです。私のフィールドのカスタムの性質を考えると。データベース「mol」タイプの機能をdjango複合モデルと組み合わせて一致させる方法はありますか? これを達成する方法は何ですか。

現在、私はDjango ORMを使用せず、生のSQLを使用してデータベースとの間でバックトリップすることに傾いています。そのようなカスタムタイプを扱うdjangoの方法があるかどうかを知りたいです。

私の現在のハイブリッド アプローチでは、私のビューは次のようになります。

このハイブリッドな方法はお勧めですか、それともこのカスタムデータ型を扱うよりpythonic/djangoの方法がありますか?

heroku アプリを実行するには、heroku に rdkit をインストールする必要があります。を使用して、rdkit をラップトップにローカルにインストールしました

sudo apt-get install python-rdkit.

しかし、 を使用して要件ファイルを生成するpip freezeと、生成されたファイルに rdkit が表示されません。およびpip install python-rdkitまたはpip install rdkit機能していません。herokuにrdkitをインストールする方法を教えてください。

すべての化合物について事前に計算された Avalon フィンガープリントを使用して、化学データベースで部分構造検索を実行しようとしています。これらのフィンガープリントを RDKit で比較する方法があります。

DataStructs.AllProbeBitsMatch ( fp1, fp2 )

ドキュメントでは、このメソッドを次のように説明しています。

彼らはビットベクトルについて話しますが、このフィンガープリントは「単語として」計算することもできます (整数の配列、RDKit の GetAvalonFPAsWords メソッドを介して、MongoDB に保存し、できれば RDKit なしでデータベースの力のみを使用して検索を実行できます (これは必要です)はるかに高速になります）。

これが私の質問です。ビット ベクトルの AllProbeBitsMatch と同等の配列の操作が必要です。理想的には、この操作は MongoDB で実行する必要があります。おそらく、パフォーマンスを向上させるために集約機能を使用します。

これは、参照用に使用する RDKit および Avalon フィンガープリントの記事です: http://rdkit.blogspot.com/2013/11/fingerprint-based-substructure.html

私はrdkitを使用しています。

を使用してビルドした後、メソッドpy2exeを呼び出すとエラーが発生します:Draw.MolToImage

これらのファイルをlibrary.zip(to \rdkit\sping\PIL\pilfonts) に入れても、単にdistフォルダーに入れてパスpidPIL.pyを有効に変更しても違いはありません。アプリケーションはまだ開くことができませんmetrics.dat。

py2exe変換がなければ、すべてが完全に機能します。