問題タブ [rstudio]

knitrマークダウンを使用して、現在のワークスペースから派生したオブジェクトを使用してその場でレポートを作成できるかどうか疑問に思っています。再現性はここでは問題ではありません。私はまた、この非常に素晴らしいスレッドを読みました ここ.

それでも、特定のオブジェクトが見つからないというエラー メッセージが表示されます。

1）新しいマークダウンドキュメントを開いて保存するとします。

lm2)ワークスペース内のオブジェクトを参照するチャンクを書き込みます。電話summary(mylmobject)

3) 編む。

残念ながら、レポートは生成されますが、オブジェクトが見つからなかったため、回帰出力を表示できません。オブジェクトを.Rdataに保存してから、マークダウンファイルから直接ロードするだけで、一般的に機能することに注意してください。

現在のワークスペースにある R マークダウンでオブジェクトを使用する方法はありますか? これは、R 以外の人が作業中に何らかの出力を表示するのに非常に役立ちます。

私はGITを使用していますが、Windowsでフォルダー全体を移動する（または名前を変更する）と、すべてのパスが壊れることに注意してください。その後、Rstudioを終了しようとすると、Rstudioが保存する（または保存しない）ファイルパスを見つけることができないという無限ループに陥ります。

プロジェクトフォルダをそのままにして、プロジェクトフォルダの場所を移動する方法はありますか？

申し訳ありませんが、これを明確にします。

1. Rstudioを起動し、バージョン管理されたプロジェクトを作成します（私はGITを使用しています）
2. プロジェクトをコンピュータの間違ったフォルダに置いたことに気づきます
3. （a）Windowsエクスプローラーを使用してRstudioファイルとGITファイルを別の場所に移動することにより、プロジェクトを新しいフォルダーに移動します。（すべてのリンクを解除する）または（b）「正しい」場所で新しいプロジェクトを開始します。（編集のバージョンを失う）。

R.ooパッケージのインストールがRStudioサーバーで失敗することに困惑していますが、それを回避する方法について何か考えはありますか？

私はニットのセットアップに取り組んでいます。最新バージョンのR（2.15.1）、MiKTex2.9ディストリビューションを含むLyx2.0、およびRStudio0.96.304をWindows7Enterpriseボックスにインストールしました。Lyxを開いてチュートリアルを表示するだけで、pdflatexの出力を取得できるので、基本的なシステムは機能しています。次に、最小限のRnwの例をダウンロードして、作業ディレクトリにtestknitr.Snwとして保存し、そのファイルをRStudioで開いて、[PDFのコンパイル]ボタンを押しました。knitr出力は、パーサーパッケージに関する単一の警告で完了し、ファイルtestknitr.texを生成します。その後、pdflatex.exeが実行されますが、失敗し、ログファイルの特定のエラーは

TexWorksを使用してtestknitr.texをコンパイルしようとすると、同じエラーが発生しました。knit（ "testknitr.Rnw"）を使用してR内からそのファイルを作成しました。これは、RStudioのデフォルトのために異なる拡張子です。コンパイル時にパッケージを自動的に更新するようにMikTekに指示しました。CTANに関する少しの調査によると、alltt環境はltxbaseパッケージの一部であり、パッケージマネージャーを見るとインストールされています。実際、それは全体のかなりコアな部分のようです！

OK-最小限のサンプルページのコメントを読んでいて、その問題の回避策を発見しました。これは19時間前の既知のバグです。はい、RStudioがsweaveではなくknitrを使用するように設定されていることを再確認しました。新しいエラーが発生しました：

編集： OK！エラーは致命的ではないことが判明しました。時間をかけて調べると、作業ディレクトリにある最小限の例の素敵なpdfがあります。RStudioがコンパイルが失敗したのに失敗したと考えるのは少し憂慮すべきことですか？

複数のRMarkdownファイルとMarkdownファイルを含むリポジトリをgithubにアップロードするのが好きです。

github上のそのようなマークダウンファイルの例を次に示します。そして、これがスクリーングラブです。

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問題は、画像が表示されないことです。画像をクリックすると、ファイルが保存されている場所に移動します。参照されるファイルは次のとおりです。

参照する必要があると思いますが

私が考えたこと：

imgur：次のコードを追加することで、外部画像ホスティングを使用できます（たとえば、この例を参照）。

ただし、さまざまな理由でこれを実行したくありません（ファイアウォールの背後にある場合、アップロードに問題があります。低速です。不要な依存関係が作成されます）

Rpubs：かなりクールなRPubsもあります。ただし、転記の時点では、複数のRマークダウン伝票よりも単一のマークダウン伝票に適しているようです。また、ソースRMarkdownとMarkdownドキュメントの間にこのような密接なリンクはありません。

質問

• R Markdownとknitrを使用してMarkdownファイルを生成するワークフローはありますか？githubにアップロードすると、Markdownファイルがgithubリポジトリに保存されている画像を表示できるようになりますか？

CSV をエクスポートする Python ファイルを開き、Dashboard.Rmd からプロットを含む HTML をエクスポートする目的で次の Rscript を実行する Ubuntu 10.04 で Bash スクリプトを作成しようとしています。

Dashboard.Rmd は、最初のステップから csv に対して read.csv を呼び出し、データ フレームを作成してプロットを作成する R マークダウンですが、その部分は正常に動作しています。これによると、RscriptはR Studioで「Knit HTML」を押すアクションを再現する必要があると考えています。ただし、作成される html は、最後に Knit HTML が押されたときと同じです。つまり、CSV が異なっていても、html には変更が反映されません。

また、同じ効果を持つニットとmarkdownToHTMLに別の行を使用してみました。ニットを実行するときに Rmd からコードをソースしないようです。Dashboard.Rmdを開いた状態で、そのRscriptからR Studioのコンソールにコマンドを入力すると、htmlが適切に更新されます。ただし、それを Bash スクリプトに変換する方法がわかりません。また、envir=new.env()、envir=R_GlobalEnv、envir=parent.frame() を使用して Knit2html を試してみましたが、うまくいきませんでした。どんな助けでも大歓迎です！

関数内で生成されたプロットを印刷しようとしていたRStudioのR-Markdown機能を使用しようとしています。これは、私がやろうとしていることの基本的な要約例です。

このコードをテストする場合は、必ず「.Rmd」ファイルとして保存してから、RStudioツールバーでknithtml（）を実行してください。上記のこのコードは、私が望む種類のhtml出力で完全に正常に機能します。ただし、基本プロット関数をggplotベースのコードに置き換えると、knithtml（）を取得して、以前のように取得した10個のプロットのggplot出力を生成できません。上記のベースプロットコードは、次のコードに置き換えられました

ここで非常に単純なものが欠けていますか？

VJ

新しいMacにR（2.15.1）とRStudio（0.96.316）をインストールしました。これで、Rスクリプトを入手するたびに、次の警告メッセージが表示されます。スクリプトがどのように見えるかに関係なく。次のケースでは、1つのcat（'Hello World）引数を使用しました。

コードの行と同じ量の警告が常に表示されます。4行の入力を含むスクリプトがあると、次の4つの警告が生成されます。

ただし、警告メッセージ以外にRスクリプトは正常に機能します。

RNewsで次の情報を見つけました。

• source（）は、.Internal（eval.with.vis）ではなくwithVisible（）を使用するようになりました。これにより、トレースバックがわずかに変わることがあります。

これが私の問題の理由だと思いますが、解決策がわかりません。警告を無効または回避するにはどうすればよいですか？

knitr私は Rstudio での使用がとても好きで、マークダウン プレゼンテーションとデータ分析を作成するために使用しています。同じコードと結果を論文で使用し、 Rmd ファイルのコード チャンクを Rnw ファイルのチャンクに変換したいと考えてい```{r}ます<< >>= @。

これにより、プレゼンテーション用に作成された同じドキュメントとコードをメインの論文にも使用できます。

マークダウン ファイルと Rnw ファイルのコード チャンクを変換する方法はありますか?

またはコードチャンクの構文の違いは別として、ファイル自体全体として、それらはマークアップで非常に似ています（テキストをラテックスに変換することは、pandocと言うと簡単です）

Rstudio Server を使用している場合、File>More>Export... を使用してサーバーからファイルをダウンロードするのは非常に簡単です。Web ブラウザーは自動的にダウンロードを開始します。

R コマンドでこのダウンロードを生成する方法はありますか?