問題タブ [sbatch]

ファイルを反復処理して簡単な計算を行う簡単なコードがあります。次のコードは、最大のものの抜粋です。このコードではユーティリティを要求しないでください。これは、問題の最小限の例にすぎません。

このコードの論理的根拠は次のとおりです。 I というファイルには、 MBとBLinternal.txtという名前の 2 つのグループに分ける必要があるデータのリストがあります。各グループを検索するために使用し、ファイルのベース名を構成するために使用し、.としてループに供給されます。そのループでは、コマンド (この例では) を開始するために使用し、その結果、.grepawkwhileidsrunls$id

internal.txtファイルには次が含まれます。

したがって、予想される出力は次の 2 つのファイルですtest_BL.dat。

とtest_MB.dat:

しかし、現実には、これら2つのファイルを取得しています...最初の行だけが書かれ​​ていますtest_BL.dat:

とtest_MB.dat:

srunが問題に関係していることは既にわかっています。削除srunして のみを残すとls、期待どおりに機能するからです。

この最後のコードはうまく機能しますが、srun. ここで何が起こっているかについてのアイデアはありますか?

注: リストされたファイルは存在します。

私はクラスターを使用して、負荷の高いコンピューティングを実行しています。わからないことがいくつかあります。たとえば、これまでのすべての仕事でこの構成を使用してきました

ただ、ノードがコンピュータ(-N 1)なのか、タスク(-n 15)なのかはわかりません。

私のコードは MPI ですが、理想的にはハイブリッド MPI と OpenMP を実行したいと考えています。そのためには、SBATCH をどのように構成すればよいですか?

ありがとうございました。