問題タブ [skbio]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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python - Needleman-Wunsch の実装は、cogent と skbio で異なるアライメントを提供します

skbio での実装は、pycogent での実装から得られる結果と比較して奇妙な結果をもたらします。

出力は次のようになります。

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python - pip経由でscikit-bioをインストールするときの#エラー「SSE2命令セットが有効になっていません」

次のコマンドを使用して、pip経由でpythonライブラリscikit-bioをインストールしたい:

私のシステム上:

ただし、これによりエラーが発生します。

インストール済みのソフトウェアの最新バージョンを取得するために、既に実行sudo apt-get updateしました。sudo apt-get upgrade

私のGCCバージョンは次のとおりです。

Python 用の scikit-bio パッケージを正常にインストールするにはどうすればよいですか?

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python - Windows に scikit-bio をインストールする際の問題

Python 2.78 および Visual C++ 2008 Express Edition を使用して Windows XP に pip 経由で scikit-bio ツールキットをインストールしようとすると、VC によって次のメッセージが表示されてプロセスが中断されます。

このエラーに関して、Microsoft Developer Network Web サイトには次のように書かれています。

私は (まだ) Linux (Ubuntu 12.04 Precise) に scikit-bio をインストールしようとはしていませんが、うまく動作するという印象を受けています (Linux に関してはすべてがそうであるように)。

Windows (XP、7、8) で scikit-bio のインストールに成功した人はいますか? ヒントはありますか?

前もって感謝します!

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python - インストール後に scikit-bio が機能しない

Mac に scikit-bio をインストールしました。実行するとpython -m skbio.test、次のエラーが表示されます。

これは私のに基づいているPATHでしょうか?

-macqiime はディレクトリ Users にあります。

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skbio - GenBank ファイルからの遺伝子位置の出力

CDS 機能の遺伝子位置を出力することは可能ですか、それとも「位置」または「補体」フィールドを自分で解析する必要がありますか?

例えば、

出力します:

場所 = <1..206

場所 = 687..3158

このサンプル GenBank ファイルの場合。

この機能は、既に解析された位置を出力できる BioPython (このスレッドを参照) で可能です (例: start = 687、end = 3158)。

ありがとう!

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python - scikit-bio python モジュールが Windows 7 にインストールされない

Scikit-bioパッケージがインストールされていません。私はnumpy 1.9.1を持っています。コマンドプロンプトからインストールしてみた

C:\Python34\Scripts>pip install

C:/Users/mgi14-9419/Downloads/scikit-bio-0.4.0.tar.gz

次のエラーが表示されます ここにリンクの説明を入力

エラートレース