問題タブ [sqldf]

サブセット化、集計、密度、およびプロットを実行する R 関数を作成しました。最初は RStudio のワークスペースにサブセットを割り当てていましたが、メモリの制約に直面し始めました。最新のリビジョンでは、サブセットを独自のデータフレームとしてエクスポートするのではなく、要約された観測カウントを SQLite データベースに保存しようとしています。理論的には、これにより使用するメモリが少なくなるというものでした。このプロセスを実行するために、次のように関数に新しいデータベースを作成しました。

次に、いくつかのテーブルを作成し、関数の処理に合わせてデータを入力します。最後に、SQLite テーブルのクエリ結果をデータフレームにエクスポートし、ワークスペースに割り当てます。

これにより、期待される結果が得られます。

ここでの課題は、データベースが永続的であることです。関数が初めて呼び出されたときに作成され、Rsessions とワークスペースに存在し、関数を再度実行すると、テーブルが既に存在するため CREATE TABLE コマンドが失敗します。問題は、関数でそれを使い終わった後、「mydb」を削除/クリーンアップするにはどうすればよいですか?

私の目標は、「matr」を取得し、列 c1 で並べ替え、c2 = 1 の場合に unique(c1) を維持することです。たとえば、このコードから...

到着する：

何らかの理由で、左結合で行 c が失われます。私は（他の結合を介して）到達することしかできません

R で sqldf パッケージを使用しています。学生の ID が別のデータセットから除外されているデータセットを作成したいと考えています。私のコードは次のようになります:

コードを実行した後、B は A とまったく同じであることがわかりました。sqldf はネストされた select ステートメントを認識していないようです。任意の提案をいただければ幸いです!

データ分析の一部にPandasを使用し、sqlite3 構文を使用する結合されたsqldfライブラリを使用することにしました。問題は、非記述エラーが発生することです。私はそれが私のSQL構文だと思いますが、私には何も目立ちません。

エラー：

SQL 行 (上記のエラーにもあります):

目標: ssm_file の変異が (場所によって) utr_file のどこで一致するか (開始と終了の間) を特定しようとしています。また、最初に染色体と鎖で一致させる必要があります。

サンプルの utr ファイル:

サンプル ssm_file:

RPostgreSQL および sqldf パッケージを使用して SQL を実行しています。

繋がり：

次に、かなり複雑な SQL ステートメントを作成し、最後に (vSQLは SQL 選択ステートメント) を作成します。

次のエラーが表示されます。

再現可能な例を作成できませんでした。言えることは次のとおりです。

1. 生成された SQL ステートメントは、データベースで直接実行すると機能します (文字列を R から pgAdmin にコピーしました)。
2. 接続は機能し、使用できますsqldf("select * from any_table, connection=con")
3. スクリプトに異なる入力パラメーターを使用して短い SQL を生成すると機能します
4. SQL の長さだけが問題ではありません。試してみました: inSQL = paste(rep("select 1::int ",10000),collapse=" union all ")、別のエラーになります:RS-DBI driver: (could not Retrieve the result : ERROR: stack depth limit exceeded
5. SQL ステートメントに奇妙な文字はありません

このエラーが何を意味するのか分かりますか?

セッション情報:

PostgreSQL:

RStudio 0.97.332