問題タブ [sungridengine]

太陽グリッド エンジン アレイ ジョブを実行しようとしていますが、タスクごとに異なる出力ファイルが必要です: test.1.out test.2.out など。

スクリプトを次のように書くと:

ファイルは $TASK_ID.out (1.out、2.out など) と呼ばれ、/home/myuser/ にあります。

そして、次のようにスクリプトを書くと:

ファイルは正しいフォルダーにありますが、明らかにデフォルト名: name.o$JOB_ID.$TASK_ID

私は何をすべきか？

libsvm Web サイトと readme ファイルに記載されているように、Python ツールgrid.pyは、ここで説明されているように、さまざまなコンピューターで実行できます。

「同じファイル システムを共有するコンピューターのクラスターにジョブをディスパッチすることで、並列グリッド検索を実行できます。まず、grid.py にマシン名を追加します。

ssh_workers = ["linux1", "linux5", "linux5"]"

ここで 2 つの質問があります。SSHWorker を介して実行される各コマンドは、互いに独立していますか? インスタンス (MPI など) 間で情報を渡そうとしているようには見えませんが、そうですか?

2 番目の質問は、スクリプト内でノード名を提供する代わりに、qsub を介して SGE で実行するようにこの python スクリプトを変更できますか?

ありがとう

ラド

Java プログラムを実行するスクリプトを qsub すると、次のエラーが発生します。

スレッド「メイン」での例外 java.lang.UnsatisfiedLinkError: /usr/java/jdk1.6.0_16/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so: libXtst.so.6: 共有オブジェクト ファイルを開けません: そのようなファイルがないか、 java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method) のディレクトリ java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1778) の java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1674) の java.lang. Runtime.load0(Runtime.java:770) で java.lang.System.load(System.java:1003) で java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method) で java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader. java:1778) で java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1695) で java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:823) で java.lang.System.loadLibrary(System.java:1028) でsun.security.action.LoadLibraryAction。run(LoadLibraryAction.java:50) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.Toolkit.loadLibraries(Toolkit.java:1592) at java.awt.Toolkit.(Toolkit.java:1614) at java.awt.Toolkit.loadLibraries(Toolkit.java:1592) java.awt.Font.(Font.java:210) savant.settings.BrowserSettings.(BrowserSettings.java:37) savant.util.NetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185) savant.data.sources.BAMDataSource (BAMDataSource.java:62) IReckon.WholeGenomeExecution.main (WholeGenomeExecution.java:208) でNetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185) at savant.data.sources.BAMDataSource.(BAMDataSource.java:62) at IReckon.WholeGenomeExecution.main(WholeGenomeExecution.java:208)NetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185) at savant.data.sources.BAMDataSource.(BAMDataSource.java:62) at IReckon.WholeGenomeExecution.main(WholeGenomeExecution.java:208)

ただし、ノードに qrsh してスクリプトを実行すると、エラーは発生しません。

次のようにqsubを実行しています：qsub -cwd -V

設定する必要がある環境変数があるかもしれませんが、 -V はそれを処理しませんか?

私は太陽のグリッド エンジン 6.2u5 バージョンを使用しています。要件は、完了ジョブでqsubコマンドを使用してジョブを送信するときです。いくつかのスクリプト(bashスクリプト)を実行したいです。

-notify オプションまたはその他の方法を使用してジョブの完了を追跡し、完了後にスクリプトを実行するにはどうすればよいですか。

ありがとう

qstat と sge_qstat のマニュアルを読んだ後でも、SGE 6.1 システムのデフォルト キューの名前をプログラムで解析するために使用できる方法をまだ知りません。つまり、ジョブが格納されているキューの名前です。 qsub コマンドを実行すると送信されます。

次の場所に空のファイルがあります。

そして、このファイルには「-u *」のみが含まれています。

デフォルトでジョブが送信されるキューの名前をプログラムで取得できる方法が必要です。この LSF コマンドの grep に続く名前に相当するもの:

SGEに相当するものはありますか？

応答の遅い SGE キューを使用して数百のジョブを送信する bash スクリプトがありqsubます (各ジョブ ID が表示されるまでにかなりの時間がかかります)。

この時間のかかるプロセスをバイパスし、シェルを終了するときにスクリプトを強制終了しないようにするために、&. これで 30 分ほど節約できることもありますが、それでもジョブ ID が表示され、コマンド プロンプトが混乱してしまいます。

ジョブ ID の表示を抑制したり、何らかの方法でサイレントにジョブをキューに送信したりできるかどうか疑問に思っていました。ただし、このリンクは議論について語っていますが、機能せず、マニュアルページ-zにも言及されていません。qsub

ありがとう！

非常に単純なzshスクリプトを使用すると、次のようになります。

$SGE_TASK_IDsun-grid エンジンのタスク ID です。qsub を使用して一連のジョブを送信しています。

qsub マンページ ( http://www.clusterresources.com/torquedocs/commands/qsub.shtml#t ) でアドバイスされていることに従い、配列ジョブを次のように送信しています。

$SGE_TASK_ID は、この配列ジョブに設定されていません...誰にも理由がありますか?

ありがとう！

SGE から (最近) 失敗したジョブ (failed=100 または exit_status=137) のリストを取得するにはどうすればよいですか? qacctヘルプから:

パターンの使用方法を教えてください。以下を試しましたが、うまくいきません。