問題タブ [trackpy]

粒子追跡に trackpy (以降 tp) を使用しようとしています。細胞サンプルの一連の画像があります。当然、画像には多少のノイズがあります。追跡の最初のステップは、シリーズの最初の画像から、どのクラスターが細胞で、どのクラスターがそうでないかを選択することです。これは主に tp.locate によって行われます。これは完璧ではありません。tp.locate によって選択された「候補」を調べて、それぞれがセルであるかどうかを示したいと思います。

これを行うために関数 ID を作成しました。目標は、tp.locate によって生成された「候補」のリストを調べることです。これを行うには、(matplotlib の imshow 関数を使用して) 各「候補」を表示すると同時に、「候補」がセルであるかどうかを示すユーザー入力を求めます。

問題は、ユーザー入力を求めると imshow 関数からの出力が抑制されるように見えることです。for ループを通過するたびに、異なる候補について尋ねられますが、imshow ウィンドウに実際に候補が表示されることはありません。これを回避する方法がわかりませんが、最終目標に非常に近いと感じているので、意見をいただければ幸いです。

GUI は必要ありませんが、tkinter を使用してこれを処理する方法はありますか? 私はtkinterに精通していませんが、この問題を解決できるかもしれないと思わせるいくつかのことを読みました。

私が書くとき

そして、tpモジュールを使用する関数で map_async を使用すると、期待どおりに機能します。

私が代わりに書いた場合：

エラーが発生しまし"NameError: name 'tp' is not defined"た。

より正確には、次のようになります。

「wait_interactive」は期待どおり「ipython 待機行」を表示していますが、結果の最初の要素 (amr[0]) にアクセスしようとすると、エラーが発生します (「tp」は定義されていません)。

私のIPythonが新しいPythonのインストールで動作しているという事実にリンクしていると思います.私のシステムPYTHONPATHはまだ古いPythonのインストールを指しています.

3 つの基本的な質問があります。

• インポートを「デバッグ」するにはどうすればよいですか? (インポートが各エンジンで機能したかどうかについてのフィードバックはありません。)
• エンジンの PYTHONPATH を変更するにはどうすればよいですか? (私は ipengine_config.py について読みましたが、私のコンピューターには何もありません)
• %pxIPython の外部でこれを実行できるようにしたいので、どうすれば IPython マジックと同じことを達成できますか? (例: DOS コマンド: "ipython myScript.ipy")

http://soft-matter.github.io/trackpy/stable/をテストしています

ここで私の画像データにアクセスできます: http://goo.gl/fMv5oE

後続のビデオ画像でオブジェクトを追跡するための私のコードは次のとおりです。

どうすれば保存できますtか? （私はPythonが初めてです）

DrifPredict シグネチャは、コメント付きの "DriftPredict(initial_guess, span)" です。

initial_guess : 長さ d の配列。それ以外の場合は、ゼロ速度と見なされます。
span : 整数、デフォルト 1 最新の span+1 フレームから速度フィールドを計算します。

したがって、2 要素配列を 2D 平面のドリフトとして指定する必要があることはわかっていますが、どの要素が "x" (または "y") であるかはわかりません。そこで、ソース コード ( https://github.com/soft-matter/trackpy/blob/master/trackpy/predict.py ) を調べたところ、内部的に、ドリフトは numpy 配列に変換された pandas.dataframe であることがわかりました。 ..しかし、それ以上ではありません。

誰かが trackpy.predict の x と y の標準的な順序を教えてくれるでしょうか?

一般情報:

Python モジュール Trackpy を使用すると、粒子を軌跡にリンクできます。粒子密度が高い場合、次のフレームで適切な粒子を見つけるために、リンクには適切な初期推測が必要です。私の粒子は、粒子間の標準距離に近い「x」に沿って非常に決定論的なドリフトを持っていることを知っています。そのため、DriftPredict を使用する必要があります。

この関数は私にプロットを与えます。ただし、デフォルトの軸を変更したい。ax が参照するドキュメントには次のように記載されています。

ax : matplotlib 軸オブジェクト、オプション。

たとえば、軸の制限を ax=([0 100 0 500]) として入力しようとしましたが、タプルまたはリストとして認識されます。正しい入力方法は？

ありがとう！