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XTKでAllen Brain Atlas ( API ドキュメント)をレンダリングするにはどうすればよいですか? どの形式を使用すればよいですか?

癌画像アーカイブでホストされている RIDER データセットからの LUNG CT IMAGES である 2D レンダリング モデルで XTK を使用してローカル DICOM / .dcm ファイルを表示しようとしていますが、コンソールからエラーはスローされませんが、画像は次のように出力されます。空欄。ファイルと js 内のファイルへの相対リンクは正しいですが、まだ出力がありません。

「Developer Heads Up」ビルドも行いました: https://github.com/xtk/X/wiki/X:DevelopersHeadsUp、ナイトリービルドを使用しようとしました: https://github.com/xtk/get /blob/gh-pages/xtk_nightly.js .

また、OsiriX を使用して、DICOM ファイルが圧縮されていないことを確認しました...

レンダリングされた 2 つの 3D ボリュームがある場合、2 つのボリュームをリンクして、一方との相互作用が他方でも同じ反応になるようにするにはどうすればよいでしょうか?

データ型 FLOAT32 の値が [0,1] の tensor_fa nifti イメージがあります。当初、xtk エッジ ライブラリを使用してローカル スクリプトをロードしようとしました。これにより、空白のキャンバスが表示されました。また、範囲を増やして (範囲 [0,100] に 100 を乗算)、この乗算された画像を INT32 に変更しようとしました。スライスドロップを試すと、元のイメージが「ロード」されますが、しきい値を設定しようとすると、「ファイルをどこにでもドロップしてください」というメッセージが表示されます。画像を 100 倍した場合も同様です。INT32 画像ではしきい値処理が可能ですが、画像は表示されません。fslview と mricron (nifti ビューア) で 3 つの画像すべてを確認しました。

さらに、ボリュームの最小値/最大値を 0/1 に、下限/上限のしきい値を 0/1 に設定してみました。

基本的な nifti ヘッダー情報:

画像は次のとおりです。

http://wagners.homeip.net/work/wrtensor_fa_orig.nii.gz (元画像)

http://wagners.homeip.net/work/wrtensor_fa.mul100.nii.gz (100 倍)

int としてのイメージは、wrtensor_fa.nii.gz という名前です。Stackoverflow で 3 番目のリンクを投稿できません。

任意の提案をいただければ幸いです。

さらなるフォローアップ:

データは実際には [0,1] ではないようです。NaN が含まれています。NaN を -1 などの真の値に変換すると、画像を表示できます。ただし、変更されていない画像で作業する必要があります。volume.lowerThreshold と upperThreshold でうまくいくと思う人もいるでしょう。

さらなるフォローアップ #2:

Chrome の JavaScript ツールをいじっています。私が作業しているページでは、3 つの画像 (INT16) の最初の画像で、volume.filedata を実行して ArrayBuffer を受け取ることができます。2 番目と 3 番目 (どちらも FLOAT32) は NULL を返します。

Xtk を使用して、ボリューム内の距離を測定するウィジェットを作成しています。シーンには、ボリューム、2 つの球体、1 つの立方体の 4 つのオブジェクトがあります。以下に示すように、立方体は原点に配置され、球体は X 軸と Y 軸に沿ってそれぞれ反対方向に 30 単位移動されます。

https://docs.google.com/file/d/0B2oRl7iWfVvTaXAyckNTOC04RlE/edit?usp=sharing

立方体と球体は正しい位置に配置されますが、ボリュームがシーンに含まれている場合に問題が発生し、座標系が変更され、原点が変換されます。

https://docs.google.com/file/d/0B2oRl7iWfVvTR3BJdk13Zm9BdTQ/edit?usp=sharing

resetBoundingBox()関数は直後に呼び出されますrender()が、違いはありません。最初にオブジェクトを追加してからボリュームをレンダラーに追加しようとしても、結果はありません。

球はドラッグすることもできます。この機能は座標系の変更の影響も受けます。これは、球の動きが始まる瞬間に、これがマウスの位置に対して変換されるためです。

なぜ起源が翻訳されているのですか？ボリュームが無効化することでシーンに影響を与えているよう resetBoundingBox()です。

私が見たすべての例は、グレースケールでのみレンダリングされます。

ボクセルのスカラー ボリュームを色にマッピングする方法はありますか? (たとえば、VTK の vtkColorTransferFunction に似ていますか?)

これが標準でサポートされていない場合、その機能を追加するのはどれほど難しいでしょうか?

ファイルから読み取った VTK メッシュのセル/ポイントにスカラー値を関連付けようとしています。FreeSurfer の異なる曲率ファイル - CRV (例 12 - http://lessons.goxtk.com/12/に示すように)を使用するようなことが可能であることがわかっています。

私たちの質問は、vtk ファイル (ブロック PointData と CellData) からスカラー値を設定する方法です。これが不可能な場合、スカラー配列を X.mesh (例) に直接設定する方法はありますか?

ありがとう、そして悪い英語でごめんなさい:-)

パウロ